Keturių nukleorūgščių amplifikacijos tyrimų atlikimas siekiant nustatyti SARS-CoV-2 Etiopijoje

Dėkojame, kad apsilankėte Nature.com. Naudojate naršyklės versiją su ribotu CSS palaikymu. Norėdami gauti geriausią patirtį, rekomenduojame naudoti atnaujintą naršyklę (arba išjungti suderinamumo režimą „Internet Explorer“). Be to, norėdami užtikrinti nuolatinį palaikymą, svetainę rodome be stilių ir JavaScript.
Vienu metu rodoma trijų skaidrių karuselė. Naudokite mygtukus Ankstesnis ir Kitas, kad vienu metu pereitumėte per tris skaidres, arba naudokite slankiklio mygtukus, esančius pabaigoje, norėdami pereiti per tris skaidres vienu metu.
Nuo 2019 m. koronavirusinės ligos (COVID-19) protrūkio visame pasaulyje buvo sukurta daug komercinių nukleorūgščių amplifikacijos testų (NAAT), kurie tapo standartiniais tyrimais. Nors keli testai buvo greitai sukurti ir pritaikyti laboratoriniams diagnostiniams tyrimams, šių testų atlikimas nebuvo įvertintas įvairiomis aplinkybėmis. Todėl šiuo tyrimu buvo siekiama įvertinti Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI ir Sansure Biotech tyrimų, naudojant sudėtinį etaloninį standartą (CRS), veikimą. Tyrimas buvo atliktas Etiopijos visuomenės sveikatos institute (EPHI) 2020 m. gruodžio 1–30 d. 164 nosiaryklės mėginiai buvo išgauti naudojant QIAamp RNA mini rinkinį ir Abbott DNR mėginių paruošimo sistemą. Iš 164 mėginių 59,1 % buvo teigiami ir 40,9 % buvo neigiami dėl CRS. Sansure Biotech pozityvumas buvo reikšmingai mažas, palyginti su CRS (p < 0,05). Sansure Biotech pozityvumas buvo reikšmingai mažas, palyginti su CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech teigiami rezultatai buvo žymiai mažesni lyginant su CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech turėjo žymiai mažiau teigiamų rezultatų, palyginti su CRS (p < 0,05).Bendras keturių analizių sutapimas buvo 96,3–100%, palyginti su CRS. Be mažo Sansure Biotech tyrimo teigiamumo rodiklio, keturių tyrimų našumas buvo beveik panašus. Taigi, Sansure Biotech [Tik moksliniai tyrimai (RUO)] tyrimas reikalauja papildomo patvirtinimo, kad jis būtų naudojamas Etiopijoje. Galiausiai reikėtų apsvarstyti papildomus tyrimus, siekiant įvertinti tyrimus pagal atitinkamus gamintojo teiginius.
Laboratoriniai tyrimai yra Pasaulio sveikatos organizacijos (PSO) 2019 m. koronavirusinės ligos (COVID-19) pasirengimo ir reagavimo (SPRP) strateginio plano dalis. PSO pataria, kad šalys turi stiprinti laboratorijų pajėgumus, kad pagerintų pasirengimą, tinkamą atvejų valdymą, budrumą ir greitą reagavimą į visuomenės sveikatos problemas. Tai rodo, kad laboratorijos vaidmuo yra labai svarbus apibūdinant ligą ir naujų infekcijų sukėlėjų epidemiologiją bei kontroliuojant jų plitimą.
Norint diagnozuoti COVID-19, reikia epidemiologinės ir medicininės informacijos, asmeninių simptomų/požymių ir radiografinių bei laboratorinių duomenų2. Nuo tada, kai buvo pranešta apie COVID-19 protrūkį Uhane, Kinijoje, visame pasaulyje buvo sukurta daug komercinių nukleorūgščių amplifikacijos testų (NAAT). Realaus laiko atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija (rRT-PGR) buvo naudojama kaip įprastas ir standartinis sunkios ūminio kvėpavimo sindromo 2 (SARS-CoV-2)3 infekcijos laboratorinės diagnostikos metodas. Molekulinis SARS-CoV-2 aptikimas paprastai pagrįstas N (nukleokapsidės baltymo genas), E (voko baltymo genas) ir RdRp (nuo RNR priklausomas RNR polimerazės genas) genais ORF1a/b (atviras skaitymo rėmelis 1a/b). . geno) regionas, nustatytas iš viruso genomo. Jie laikomi pagrindiniais konservuotais regionais, aptinkamais viruso genomuose viruso atpažinimui4. Tarp šių genų RdRp ir E genai turi didelį analitinį aptikimo jautrumą, o N genas turi mažą analitinį jautrumą5.
PGR tyrimų atlikimas gali skirtis priklausomai nuo įvairių veiksnių, tokių kaip: ekstrahavimo reagentai, amplifikacijos / aptikimo reagentai, ekstrahavimo metodas, PGR aparato kokybė ir kiti instrumentai. 2020 m. balandžio mėn. daugiau nei 48 skirtingi diagnostikos prietaisai iš devynių šalių gavo leidimą naudoti avarinį naudojimą (EUA) COVID-196 diagnostikai. Etiopijoje SARS-CoV-2 PGR aptikimui naudojama daugiau nei 14 realaus laiko PGR platformų 26 visuomenės sveikatos įstaigose, įskaitant ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ir Quant-studio7. Be to, yra įvairių PGR testų rinkinių, tokių kaip Daan Gene testas, Abbott SARS-CoV-2 testas, Sansure Biotech testas ir SARS-CoV-2 BGI testas. Nors rRT-PGR yra labai jautrus, kai kurie pacientai, sergantys COVID-19, praneša apie klaidingai neigiamus rezultatus dėl nepakankamo virusinės ribonukleino rūgšties (RNR) kopijų mėginiuose dėl netinkamo surinkimo, transportavimo, laikymo ir tvarkymo bei laboratorinių tyrimų. personalo sąlygos ir veiksmai8. Be to, netinkamas mėginio ar kontrolinio apdorojimo, ciklo slenksčio (Ct) nustatymas ir kryžminis reaktyvumas su kitomis patogeninėmis nukleino rūgštimis arba neaktyvia / likutine SARS-CoV-2 RNR gali sukelti klaidingai teigiamus rRT-PCR9 tyrimų rezultatus. Taigi akivaizdu, kad PGR tyrimais iš tiesų galima nustatyti genų fragmentų nešėjus, nes jie net negali atskirti tikrai aktyvių viruso genų, todėl tyrimais galima nustatyti tik nešiojus, o ne pacientus10. Todėl svarbu įvertinti diagnostikos efektyvumą naudojant standartinius mūsų aplinkoje esančius metodus. Nors Etiopijos visuomenės sveikatos institute (EPHI) ir visoje šalyje yra daug NAAT reagentų, dar nebuvo pranešta apie jų veiksmingumo lyginamąjį vertinimą. Todėl šiuo tyrimu buvo siekiama įvertinti palyginamus komerciškai prieinamų rinkinių, skirtų SARS-CoV-2 aptikimui rRT-PGR, naudojant klinikinius mėginius, efektyvumą.
Iš viso į šį tyrimą buvo įtraukti 164 dalyviai, kuriems įtariamas COVID-19. Dauguma mėginių buvo iš gydymo centrų (118/164 = 72%), o likę 46 (28%) dalyviai buvo iš ne gydymo centrų. Iš centre negydytų dalyvių 15 (9,1 %) buvo kliniškai įtariami atvejai, o 31 (18,9 %) turėjo patvirtintų atvejų kontaktus. Devyniasdešimt trys (56,7 proc.) dalyviai buvo vyrai, o vidutinis (± SD) dalyvių amžius buvo 31,10 (± 11,82) metų.
Šio tyrimo metu buvo nustatyti keturių COVID-19 testų teigiami ir neigiami rodikliai. Taigi teigiami Abbott SARS-CoV-2 tyrimo, Daan Gene 2019-nCoV tyrimo, SARS-CoV-2 BGI tyrimo ir Sansure Biotech 2019-nCoV tyrimo rodikliai buvo atitinkamai 59,1 %, 58,5 %, 57,9 % ir 55,5 %. . Teigiamas ir neigiamas sudėtinio etaloninio standarto (CRS) balai buvo atitinkamai 97 (59,1 %) ir 67 (40,9 %) (1 lentelė). Šiame tyrime CRS apibrėžimas buvo pagrįstas „bet kurio teigiamo“ taisykle, pagal kurią iš keturių bandymų rezultatų du ar daugiau bandymų rezultatų, kurie davė tą patį rezultatą, buvo laikomi tikrai teigiamais arba neigiamais.
Šiame tyrime nustatėme neigiamą procentinį susitarimą (NPA) 100 % (95 % PI 94,6–100) visoms analizėms, palyginti su CRS. Sansure Biotechnology analizė parodė, kad minimalus PPA yra 93,8 % (95 % PI 87,2–97,1), o Daan Gene 2019-nCoV analizė bendrai sutapo 99,4 % (95 % PI 96,6–99,9). Priešingai, bendras sutarimas tarp SARS-CoV-2 BGI tyrimo ir Sansure Biotech 2019-nCoV tyrimo buvo atitinkamai 98,8 % ir 96,3 % (2 lentelė).
Coheno kappa sutapimo koeficientas tarp CRS ir Abbott SARS-CoV-2 tyrimo rezultatų buvo visiškai suderintas (K = 1,00). Panašiai Coheno kappa vertės, kurias aptiko Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI ir Sansure Biotech 2019-nCoV, taip pat visiškai atitinka CRS (K ≥ 0,925). Šioje lyginamojoje analizėje chi kvadrato testas (McNemar testas) parodė, kad Sansure Biotech 2019-nCoV tyrimo rezultatai labai skyrėsi nuo CRS rezultatų (p = 0,031) (2 lentelė).
Kaip parodyta pav.1 Abbott SARS-CoV-2 tyrimo (kombinuotas RdRp ir N genas) mažiausios Ct vertės procentas (< 20 Ct) buvo 87,6 %, o ORF1a/b geno Ct vertė Sansure Biotech 2019-nCoV tyrime parodė, kad mažos Ct vertės procentas. Ct vertė (< 20 Ct) buvo 50,3%, o didelė Ct vertė (36–40 Ct) buvo 3,2 proc. 1 Abbott SARS-CoV-2 tyrimo (kombinuotas RdRp ir N genas) mažiausios Ct vertės procentas (< 20 Ct) buvo 87,6 %, o ORF1a/b geno Ct vertė Sansure Biotech 2019-nCoV tyrime parodė, kad mažos Ct vertės procentas. Ct vertė (< 20 Ct) buvo 50,3%, o didelė Ct vertė (36–40 Ct) buvo 3,2 proc.Kaip parodyta pav.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, Ct енизначе ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а вышокое6–40t составляло 3,2%. 1, Abbott SARS-CoV-2 (kombinuotas genas RdRp ir N) procentas mažiausios Ct vertės (< 20 Ct) analizės procentas buvo 87,6%, o Sansure Biotech 2019-nCoV ORF1a/b geno analizės Ct reikšmė parodė. kad mažos Ct vertės (< 20 Ct) procentas sudarė 50,3%, o didelės vertės Ct (36–40 Ct) teko 3,2 proc.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（百分比（< 20，，，S. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3 %，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2 %. Kaip parodyta 1 paveiksle, Abbott SARS-CoV-2 testo (RdRp ir N geno derinio) mažiausia Ct vertės procentinė dalis (< 20 Ct) yra 87,6 %, ORF1a/b geno Ct vertė Sansure Biotech 2019-nCoV teste. rodo mažą Ct值(< 20 Ct) 的 procentas yra 50,3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 procentas yra 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное низкое процентное размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Kaip parodyta 1 paveiksle, Abbott SARS-CoV-2 tyrime (sujungus RdRp ir N genus) buvo mažiausia procentinė Ct vertė (< 20 Ct) – 87,6 %, o ORF1a/b geno Ct vertė Sansure. Biotech 2019 tyrimas – nCoV analizė parodė žemą Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Vertybių procentas (< 20 Ct) buvo 50,3%, o didelių Ct verčių (36–40 Ct) procentas buvo 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B testas užfiksavo Ct vertę, viršijančią 30. Kita vertus, BGI SARS-CoV-2 tyrimo metu ORF1a/b genas turėjo didelę Ct vertę (> 36 Ct), procentas buvo 4% (1 pav.). Kita vertus, BGI SARS-CoV-2 tyrimo metu ORF1a/b genas turėjo didelę Ct vertę (> 36 Ct), procentas buvo 4% (1 pav.). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составрис.41% (). Kita vertus, analizuojant BGI SARS-CoV-2 genas ORF1a/b turėjo didelę Ct vertę (> 36 Ct), kurios procentas buvo 4% (1 pav.).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为 Kita vertus, BGI SARS-CoV-2 aptikimo metu ORF1a/b geno, turinčio didelę Ct vertę (>36 Ct), procentas yra 4 % (1 pav.). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). Kita vertus, atliekant BGI SARS-CoV-2 analizę, ORF1a/b genų, turinčių dideles Ct reikšmes (>36 Ct), procentas buvo 4% (1 pav.).
Šio tyrimo metu paėmėme 164 nosiaryklės mėginius. Visų tipų tyrimams RNR išskyrimas ir amplifikacija buvo atlikti naudojant atitinkamų gamintojų rekomenduojamus metodus ir rinkinius.
Šis tyrimas parodė, kad Abbott testo SARS-CoV-2 aptikimo efektyvumas yra toks pat kaip CRS, 100 % teigiamas, neigiamas ir bendras atitikimas. Coheno kappa sutartis yra 1,00, o tai reiškia visišką susitarimą su CRS. Panašus Vašingtono universiteto (JAV) tyrimas parodė, kad bendras Abbott testo SARS-CoV-2 jautrumas ir specifiškumas buvo atitinkamai 93% ir 100%, palyginti su CDC laboratorijoje nustatytu tyrimu (LDA). . 11. Abbott SARS-CoV-2 aptikimo sistema yra pagrįsta tuo pačiu metu kombinuotu N ir RdRp genų aptikimu, nes abu genai yra jautresni, todėl klaidingai neigiami rezultatai yra minimalūs12. Vienoje, Austrijoje, atliktas tyrimas taip pat parodė, kad dideli ekstrahavimo mėginių kiekiai ir aptikimo eliuento tūris sumažino praskiedimo poveikį ir padidino aptikimo efektyvumą13. Taigi, Abbott puikiai tinka SARS-CoV-2 tyrimui, gali būti siejama su platformos aptikimo sistema, kuri vienu metu aptinka kombinatorinius genus, išskiria daug mėginių (0,5 ml) ir naudoja didelį eliuento kiekį (40 µl).
Mūsų rezultatai taip pat parodė, kad Daan genetinio testo aptikimo našumas buvo beveik toks pat kaip ir CRS. Tai atitinka tyrimą14, atliktą Anhui universitete Huainane, Kinijoje, ir gamintojo teiginį, kad 100 % teigiamas sutikimas. Nepaisant pranešimų apie nuoseklius rezultatus, vienas mėginys buvo klaidingai neigiamas, pakartotinai ištyrus tą patį eliuatą, tačiau buvo teigiamas atliekant Abbott SARS-CoV-2 ir Sansure Biotech nCoV-2019 tyrimus. Tai rodo, kad skirtingų tipų tyrimų rezultatai gali skirtis. Nepaisant to, Kinijoje atliktame tyrime15 Daan Gene tyrimo rezultatas labai skyrėsi (p < 0,05), palyginti su jų laboratorijoje nustatytu etaloniniu tyrimu. Nepaisant to, Kinijoje atliktame tyrime15 Daan Gene tyrimo rezultatas labai skyrėsi (p < 0,05), palyginti su jų laboratorijoje nustatytu etaloniniu tyrimu. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Tačiau Kinijoje atliktame tyrime15 Daan Gene analizės rezultatas labai skyrėsi (p < 0,05) nuo jų laboratorinės etaloninės analizės.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (05p) его эталонным labboratornыm тестом. Tačiau Kinijoje atlikto tyrimo metu15 Daano genetinio tyrimo rezultatai gerokai skyrėsi (p < 0,05), palyginti su jo etaloninio laboratorinio tyrimo rezultatais.Šis neatitikimas gali atsirasti dėl SARS-CoV-2 aptikimo etaloninio testo jautrumo, todėl norint nustatyti priežastį gali būti svarbūs tolesni tyrimai.
Be to, mūsų tyrime buvo įvertintas lyginamasis SARS-CoV-2 BGI tyrimo su CRS efektyvumas, rodantis puikų teigiamą procentinį sutapimą (PPA = 97,9%), neigiamą procentinį susitarimą (NPA = 100%) ir bendrą procentinį sutapimą pagal lytį ( OPA). ). = 98,8%). Coheno Kappa vertės gerai sutapo (K = 0,975). Nyderlanduose16 ir Kinijoje15 atlikti tyrimai parodė nuoseklius rezultatus. SARS-CoV-2 BGI testas yra vieno geno (ORF1a/b) aptikimo testas, naudojant 10 µl amplifikacijos/aptikimo eliuato. Nepaisant gero statistinio sutapimo su mūsų etaloniniais rezultatais, analizė nepateikė dviejų teigiamų mėginių (1, 22 %) iš viso mėginio. Tai gali turėti didžiulį klinikinį poveikį perdavimo dinamikai tiek paciento, tiek bendruomenės lygiu.
Kita į šį tyrimą įtraukta lyginamoji analizė buvo Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) tyrimas; bendras rungtynių procentas buvo 96,3%. Susitarimo stiprumą taip pat lėmė Coheno Kappa vertė, kuri buvo 0,925, o tai rodo visišką susitarimą su CRS. Vėlgi, mūsų rezultatai yra identiški tyrimams, atliktiems Centriniame Pietų universitete Changsha mieste, Kinijoje ir Liudžou liaudies ligoninės klinikinės laboratorijos skyriuje, Liudžou mieste, Kinijoje17. Nors buvo užfiksuotas aukščiau pateiktas geras statistinis suderinamumas, chi kvadrato testas (MacNemar testas) parodė, kad Sansure Biotech tyrimo rezultatas statistiškai reikšmingai skiriasi, palyginti su CRS (p < 0,005). Nors buvo užfiksuotas aukščiau pateiktas geras statistinis suderinamumas, chi kvadrato testas (MacNemar testas) parodė, kad Sansure Biotech tyrimo rezultatas statistiškai reikšmingai skiriasi, palyginti su CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-крийтрийкрий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению < с0,00p. Nors aukščiau pateiktas geras statistinis sutapimas buvo užfiksuotas, chi kvadrato testas (McNemar testas) parodė, kad Sansure Biotech tyrimo rezultatas statistiškai reikšmingai skiriasi nuo CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，RS Sansure Biotech.相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 绨明 测 拌 拌 sure （与 CRs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。）。。。（（（（（ Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнпема) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ir CRS. Nepaisant aukščiau nurodyto gero statistinio susitarimo, chi kvadrato testas (McNemar testas) parodė statistiškai reikšmingą skirtumą (p < 0,005) tarp Sansure Biotech tyrimo ir CRS.Nustatyta, kad šeši mėginiai (3,66 %) buvo klaidingi neigiami, palyginti su CRS (1 papildoma lentelė); tai labai svarbu, ypač atsižvelgiant į viruso perdavimo dinamiką. Pirmiau pateikti duomenys taip pat patvirtina šį žemą aptikimo dažnį15.
Šiame tyrime Ct vertės buvo nustatytos kiekvienam tyrimui ir atitinkamai platformai, o mažiausia vidutinė Ct vertė buvo nurodyta Abbott SARS-CoV-2 tyrime. Šis rezultatas gali būti susijęs su Abbott kombinuota genetinių tyrimų sistema, skirta SARS-CoV-2 aptikti. Todėl pagal 1 paveikslą 87,6 % Abbott SARS-CoV-2 rezultatų Ct vertės buvo mažesnės nei 20. Tik nedaugelis mėginių rezultatų (12,4 %) buvo 20–30 diapazone. Ct vertės, viršijančios 30, nebuvo užregistruotos. Be to, kad Abbott naudojo SARS-CoV-2 skydelio genetinio tyrimo formatą, šis rezultatas gali būti susijęs su apatine aptikimo riba (32,5 RNR kopijos/ml)18, kuri yra tris kartus mažesnė už įmonės nustatytą apatinę 100 RNR kopijų ribą. /mL. ml) 19.
Šis tyrimas turi tam tikrų apribojimų: pirma, mes neturime standartinių / pamatinių metodų [tokių kaip viruso apkrova ar kiti laboratoriniai tyrimai (LDA)] dėl išteklių trūkumo. Antra, visi šiame tyrime naudojami mėginiai buvo nosiaryklės tamponai, o rezultatai nebuvo taikomi kitiems mėginių tipams, ir trečia, mūsų imties dydis buvo mažas.
Šiame tyrime buvo lyginamas keturių SARS-CoV-2 rRT-PGR tyrimų atlikimas naudojant nosiaryklės mėginius. Visų aptikimo tyrimų našumas buvo beveik panašus, išskyrus Sansure Biotech tyrimą. Be to, Sansure Biotech tyrime, palyginti su CRS, buvo nustatytas mažas pozityvumo rodiklis (p < 0,05). Be to, Sansure Biotech tyrime, palyginti su CRS, buvo nustatytas mažas pozityvumo rodiklis (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Be to, Sansure Biotech testas parodė mažą teigiamų rezultatų procentą, palyginti su CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Be to, Sansure Biotech tyrimas buvo mažesnis, palyginti su CRS (p < 0,05).„Sansure Biotech nCoV-2019“ (RUO) PPA, NPA ir bendro susitarimo analizė viršijo 93,5 %, o „Cohen Kappa“ sutarties vertė buvo 0,925. Galiausiai, Sansure Biotech Assay (RUO) reikia toliau patvirtinti, kad būtų galima naudoti Etiopijoje, ir reikėtų apsvarstyti papildomus tyrimus, kad būtų galima įvertinti atskirų gamintojų teiginius.
Lyginamojo tyrimo planas buvo atliktas keturiose sveikatos įstaigose Adis Abeboje, Eka Kotebe ligoninėje, Tūkstantmečio bažnyčios gydymo centre, Zewooditu memorialinėje ligoninėje ir Šv. Petro tuberkuliozės specialistų ligoninėje. Duomenys buvo renkami nuo 2020 m. gruodžio 1 d. iki 31 d. Medicinos įstaigos šiam tyrimui buvo pasirinktos tikslingai, atsižvelgiant į didelį susirgimų skaičių ir pagrindinių gydymo centrų prieinamumą mieste. Panašiai, instrumentai, įskaitant ABI 7500 ir Abbott m2000 realaus laiko PGR prietaisus, buvo atrinkti pagal NAAT reagentų gamintojų rekomendacijas, o šiam tyrimui buvo atrinkti keturi PGR aptikimo rinkiniai, nes dauguma Etiopijos laboratorijų naudojo bent jau keturi iš jų. Tyrimo metu atliktas genų testas, Abbott SARS-CoV-2 testas, Sansure Biotech testas ir SARS-CoV-2 BGI testas).
SARS-CoV-2 tyrimas buvo atliktas 2020 m. gruodžio 1–30 d. naudojant 3 ml virusinės transportavimo terpės (VTM) („Miraclean Technology“, Šendženas, Kinija) iš asmenų, kuriems buvo atliktas tyrimas dėl COVID-19, perduotų EPHI. Nosiaryklės mėginiai buvo surinkti apmokytų mėginių rinkėjų ir išsiųsti į EPHI trigubose pakuotėse. Prieš išskiriant nukleino rūgštis, kiekvienam mėginiui priskiriamas unikalus identifikavimo numeris. Ekstrahavimas atliekamas iš kiekvieno mėginio iš karto po atvežimo naudojant rankinius ir automatinius ekstrahavimo metodus. Taigi, norint automatiškai ekstrahuoti Abbott m2000, iš kiekvieno mėginio buvo išskirta 1,3 ml (įskaitant 0,8 ml negyvąjį tūrį ir 0,5 ml ekstrahavimo įleidimo tūrį) mėginio ir leidžiama per Abbott DNR mėginių paruošimo sistemą (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, JAV). ) Į bendrą dviejų SARS-CoV-2 (EUA) etapų realiuoju laiku procesą (gavimą ir aptikimą) buvo įtraukta 96 [92 mėginių, dviejų aptikimo kontrolių ir dviejų ne šabloninių kontrolinių priemonių (NTC)] partija. kasyba. Panašiai rankiniam ekstrahavimui naudokite tuos pačius mėginius (automatiniam ekstrahavimui ir atradimui). Taigi viso proceso metu 140 µl mėginių buvo padalyti į alikvotas ir ekstrahuoti naudojant QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Vokietija) partijomis po 24 (įskaitant 20 mėginių, dvi tyrimo kontroles ir du NTC) per devynis raundus. Rankiniu būdu ekstrahuoti eliuatai buvo amplifikuoti ir aptikti naudojant ABI 7500 terminį ciklą, naudojant SARS-CoV-2 BGI tyrimą, Daan Gene testą ir Sansure Biotech tyrimą.
Automatizuotas SARS-CoV-2 virusinės RNR išskyrimas ir gryninimas atliekamas pagal magnetinių granulių principą, naudojant Abbott DNR mėginių paruošimo reagentus. Mėginių inaktyvavimas ir viruso dalelių tirpinimas atliekamas naudojant ploviklį, kurio sudėtyje yra guanidino izotiocianato, kad denatūruotų baltymas ir inaktyvuotų Rnazę. Tada RNR atskiriama nuo baltymo kietosios fazės atskyrimu naudojant silicio dioksidą, ty guanidinio druska ir šarminis lizės buferio pH skatina nukleorūgščių prisijungimą prie silicio dioksido (SiO2). Skalavimo etape pašalinami likę baltymai ir šiukšlės, kad susidarytų skaidrus tirpalas. Skaidri RNR išskiriama iš silicio dioksido pagrindu pagamintų mikrodalelių naudojant instrumento magnetinį lauką20,21. Kita vertus, rankinis RNR išskyrimas ir gryninimas atliekamas sukimo kolonėlės metodu, naudojant centrifugavimą vietoj magnetinio stovo ir mikrodalelių atskyrimą nuo eliuento.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 aptikimo testas (Abbott Molecular, Inc.) buvo atliktas pagal gamintojo instrukcijas, kurios gavo EUA19,22 iš PSO ir FDA. Šiame protokole mėginio inaktyvavimas prieš ekstrahavimą buvo atliktas vandens vonioje 56 ° C temperatūroje 30 min. Po viruso inaktyvacijos nukleino rūgšties ekstrahavimas buvo atliktas Abbott m2000 SP prietaisu iš 0, 5 ml VTM, naudojant Abbott m2000 DNR mėginių paruošimo sistemą. pagal gamintoją. Amplifikacija ir aptikimas buvo atlikti naudojant Abbott m2000 RT-PCR prietaisą, o RdRp ir N genams buvo atliktas dvigubas aptikimas. ROX) ir VIC P (patentuotas dažiklis), skirtas nukreipti ir aptikti vidines kontrolės priemones, leidžiančias vienu metu aptikti abu amplifikacijos produktus 19 .
Šio rinkinio amplifikacijos aptikimo metodas pagrįstas vieno žingsnio RT-PGR technologija. ORF1a / b ir N genai buvo atrinkti kaip konservuoti regionai Daan Gene Technology, kad būtų galima nustatyti tikslinės srities amplifikaciją. Siekiant aptikti SARS-CoV-2 RNR mėginiuose, buvo sukurti specifiniai pradmenys ir fluorescenciniai zondai (N geno zondai, pažymėti FAM, ORF1a/b zondai, pažymėti VIC). Galutinis eliuentas ir pagrindiniai mišiniai buvo paruošti pridedant 5 µl eliuento į 20 µl pagrindinio mišinio iki galutinio 25 µl tūrio. Amplifikacija ir aptikimas buvo atliekami vienu metu naudojant ABI 750024 realaus laiko PGR prietaisą.
ORF1a/b ir N genai buvo aptikti naudojant Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescencinės PGR aptikimas). Paruoškite specifinius zondus kiekvienam tiksliniam genui, pasirinkdami FAM kanalą ORF1a/b regionui ir ROX kanalą N genui. Į šį tyrimo rinkinį eliuentas ir pagrindinis mišinio reagentai pridedami taip: paruoškite 30 µl pagrindinio mišinio reagento ir 20 µl eliuuoto mėginio aptikimui/amplifikacijai. Amplifikacijai / aptikimui buvo naudojamas realaus laiko PCR ABI 750025.
SARS-CoV-2 BGI testas yra fluorescencinis realaus laiko rRT-PGR rinkinys, skirtas COVID-19 diagnozuoti. Tikslinė sritis yra SARS-CoV-2 genomo ORF1a/b regione, kuris yra vieno geno aptikimo metodas. Be to, žmogaus namų ūkio genas β-aktinas yra viduje reguliuojamas tikslinis genas. Pagrindinis mišinys paruošiamas sumaišant 20 µl pagrindinio mišinio reagento ir 10 µl ekstrahuoto RNR mėginio šulinėlių plokštelėje26. ABI 7500 fluorescencinis kiekybinis realaus laiko PGR instrumentas buvo naudojamas amplifikacijai ir aptikimui. Visos nukleorūgščių amplifikacijos, PGR vykdymo sąlygos kiekvienam tyrimui ir rezultatų interpretavimas buvo atlikti pagal atitinkamo gamintojo instrukcijas (3 lentelė).
Šioje lyginamojoje analizėje mes nenaudojome etaloninio standarto metodo, kad nustatytų procentinį sutapimą (teigiamą, neigiamą ir bendrą) ir kitus keturių analizių palyginimo parametrus. Kiekvienas bandymas buvo lyginamas su CRS, šiame tyrime KRS buvo nustatytas pagal taisyklę „bet koks teigiamas“ ir rezultatas buvo nustatytas, o ne vienu testu, naudojome bent du suderintus testo rezultatus. Be to, COVID-19 perdavimo atveju klaidingai neigiami rezultatai yra pavojingesni nei klaidingai teigiami rezultatai. Todėl norint kuo tiksliau pasakyti „teigiamas“ pagal CRS rezultatą, mažiausiai du tyrimo testai turi būti teigiami, o tai reiškia, kad tikėtina, kad bent vienas teigiamas rezultatas bus gautas iš EUA tyrimo. Taigi iš keturių bandymų rezultatų du ar daugiau tyrimų rezultatų, duodančių tą patį rezultatą, laikomi tikrais teigiamais arba neigiamais18,27.
Duomenys buvo renkami naudojant struktūrines duomenų ištraukimo formas, duomenų įvedimas ir analizė atlikta naudojant Excel statistikos programinę įrangą ir SPSS 23.0 versiją aprašomajai statistikai. Buvo analizuojamas teigiamas, neigiamas ir bendras procentinis sutapimas, o Kappa balas buvo naudojamas kiekvieno metodo suderinamumo su CRS laipsniui nustatyti. Kapa reikšmės aiškinamos taip: nuo 0,01 iki 0,20 už švelnų susitarimą, nuo 0,21 iki 0,40 už bendrą susitarimą, nuo 0,41 iki 0,60 už vidutinį susitarimą, nuo 0,61 iki 0,80 už pagrindinį susitarimą ir nuo 0,81 iki 0,99 už visišką susitarimą28.
Etinis leidimas buvo gautas iš Adis Abebos universiteto, o visus šio tyrimo eksperimentinius protokolus patvirtino Etiopijos visuomenės sveikatos instituto mokslinės etikos peržiūros taryba. EPHI etikos licencijos nuorodos numeris yra EPHI/IRB-279-2020. Visi metodai buvo taikomi laikantis Etiopijos nacionalinių išsamių COVID-19 gydymo gairių rekomendacijų ir nuostatų. Be to, prieš dalyvaujant tyrime iš visų tyrimo dalyvių buvo gautas raštiškas sutikimas.
Visi šiame tyrime gauti arba išanalizuoti duomenys yra įtraukti į šį publikuotą straipsnį. Šio tyrimo rezultatus pagrindžiančius duomenis pagrįstu prašymu gali gauti atitinkamas autorius.
Pasaulio Sveikatos Organizacija. Rekomendacijos dėl COVID-19 laboratorinių tyrimų strategijų: tarpinės gairės, 2020 m. kovo 21 d. Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (PSO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 išmanioji diagnostika skubios pagalbos skyriuje: viskas praktikoje. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 išmanioji diagnostika skubios pagalbos skyriuje: viskas praktikoje.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ir Gurgulianis, KI Protinga COVID-19 diagnostika skubios pagalbos skyriuje: viskas praktiškai.Muliou DS, Pantazopoulos I. ir Gurgulyanis KI Protinga COVID-19 diagnostika skubios pagalbos skyriuose: visapusiška integracija praktikoje. Reverend Respire ekspertas. vaistas. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas. Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas.Mitchell, SL ir St. George, K. COVID19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas.Mitchell SL ir St. George K. COVID19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas. J. Klinikinis. Virusas. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
PSO. 2019 m. koronavirusinės ligos (COVID-19) laboratorinis nustatymas įtariamos žmonių ligos atveju. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (žiūrėta 2020 m. rugpjūčio 15 d.) (PSO, 2020).
Udugama, B. ir kt. COVID-19 diagnozė: ligos ir tyrimo įrankiai. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. ir kt. Rytų, Centrinės ir Pietų Afrikos patologų kolegijos – Artimųjų Rytų ir Pietų Afrikos regioninės patologijos mokyklos – įkūrimas. Afrika. J. Lab. vaistas. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopijos visuomenės sveikatos institutas, Federalinė sveikatos ministerija. Laikinoji nacionalinė strategija ir laboratorinės COVID-19 diagnostikos gairės. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (prieiga 2020 m. rugpjūčio 12 d.) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Klaidingai neigiami SARS-CoV-2 infekcijos iššūkių ir pasekmių testai. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Klaidingai neigiami SARS-CoV-2 infekcijos iššūkių ir pasekmių testai.Voloshin S., Patel N. ir Kesselheim AS Klaidingai neigiami SARS-CoV-2 infekcijų ir jų pasekmių testai.Voloshin S., Patel N. ir Kesselheim AS Klaidingai neigiami provokacijos ir SARS-CoV-2 infekcijos poveikio testai. N. angl. J. Medicina. 383 (6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir valdymo strategijos, vakcinacija ir tolesnės perspektyvos. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir valdymo strategijos, vakcinacija ir tolesnės perspektyvos. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные ir ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика истра вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir gydymo strategijos, vakcinacija ir tolesnis kelias.Muliu, DS ir Gurgulianis, KI Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų profilaktikos ir gydymo strategijos, vakcinacija ir tolesnis kelias. Reverend Respire ekspertas. vaistas. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: pamatė medį, bet prarado mišką. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: pamatė medį, bet prarado mišką.Mouliou, DS, Ioannis, P. ir Konstantinos, G. COVID-19 diagnozė greitosios pagalbos skyriuje: pamatyk medį, prarask mišką.Muliou DS, Ioannis P. ir Konstantinos G. COVID-19 diagnozė greitosios pagalbos skyriuose: medžiams nepakanka miško. Pasirodyti. vaistas. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ir kt. Abbott RealTime SARS-CoV-2 tyrimo analitinio ir klinikinio veikimo patvirtinimas ir patvirtinimas. J. Klinikinis. Virusas. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Palyginkite penkis pradmenų rinkinius iš skirtingo COVID-19 genomo regiono, kad aptiktumėte viruso infekciją įprastiniu RT-PGR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų COVID-19 genomo regionų palyginimas, siekiant nustatyti viruso infekciją įprastiniu RT-PGR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ir Aflatunyan, B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų COVID-19 genomo regionų palyginimas, siekiant nustatyti virusinę infekciją įprastiniu RT-PGR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 5 skirtingų genetinių COVID-19 regionų palyginimas, siekiant nustatyti virusinę infekciją įprastiniu RT-PGR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ir Aflatunyan B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų COVID-19 genomo regionų, skirtų virusinei infekcijai aptikti įprastine RT-PGR, palyginimas.Iranas. J. Mikrobiologija. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. ir kt. Preliminarūs SARS-CoV-2 genomo sekų nustatymo nacionalinės išorinio kokybės vertinimo programos rezultatai. J. Klinikinis. Virusas. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. ir kt. Penkių RT-PGR rinkinių, skirtų sunkiam ūminiam kvėpavimo sindromui koronavirusui, efektyvumo analitinis įvertinimas 2. J. Clinical. laboratorija. išangė. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. ir kt. Septynių Kinijoje parduodamų SARS-CoV-2 RNR aptikimo rinkinių įvertinimas remiantis realaus laiko polimerazės grandinine reakcija (PGR). klinikinis. Cheminis. laboratorija. vaistas. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB ir kt. Septynių komercinių RT-PCR COVID-19 diagnostikos rinkinių palyginimas. J. Klinikinis. Virusas. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu ir kt. Dviejų PGR rinkinių, skirtų SARS-CoV-2 nukleino rūgštims aptikti, diagnostinių rezultatų palyginimas. J. Klinikinis. laboratorija. išangė. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR ir kt. Lyginamasis keturių SARS-CoV-2 nukleorūgščių amplifikacijos testavimo (NAAT) platformų tyrimas parodė, kad ID DABAR našumas labai pablogėjo, priklausomai nuo paciento ir mėginio tipo. diagnozė. mikrobiologija. Užkrėsti. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekulė. Abbott realaus laiko SARS-CoV-2 analizės paketo įdėklas. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020 m. rugpjūčio 10 d.) (2020 m.).
Klein, S. ir kt. SARS-CoV-2 RNR išskyrimas naudojant magnetines granules greitam didelio masto aptikimui naudojant RT-qPCR ir RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).