Keturių nukleorūgščių amplifikacijos tyrimų atlikimas siekiant nustatyti SARS-COV-2 Etiopijoje

Dėkojame, kad apsilankėte gamtoje.com. Jūs naudojate naršyklės versiją su ribotu CSS palaikymu. Norėdami gauti geriausią patirtį, rekomenduojame naudoti atnaujintą naršyklę (arba išjungti suderinamumo režimą „Internet Explorer“). Be to, norėdami užtikrinti nuolatinį palaikymą, mes rodome svetainę be stilių ir „JavaScript“.
Parodoma trijų skaidrių karuselė vienu metu. Naudokite ankstesnius ir kitus mygtukus, kad perleistumėte tris skaidres vienu metu, arba naudokite slankiklio mygtukus gale, kad perleistumėte tris skaidres vienu metu.
Nuo 2019 m. Koronaviruso ligos (COVID-19) protrūkio, visame pasaulyje buvo sukurta daugybė komercinių nukleorūgščių amplifikacijos testų (NAAT) ir tapo standartiniais tyrimais. Nors laboratorinių diagnostinių bandymų metu buvo greitai sukurti keli bandymai, šių testų veikimas nebuvo įvertintas įvairiomis aplinkybėmis. Todėl šiuo tyrimu buvo siekiama įvertinti Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI ir SANSURE biotechnologijų tyrimus, naudojant sudėtinį etaloninį standartą (CRS). Tyrimas buvo atliktas Etiopijos visuomenės sveikatos institute (EPHI) nuo 2020 m. Gruodžio 1–30 d. 164 Nasopharingeal mėginiai buvo išgauti naudojant „Qiaamp RNR Mini“ rinkinį ir Abbott DNR mėginių paruošimo sistemą. Iš 164 egzempliorių 59,1% buvo teigiami, o 40,9% - neigiama CR. Sansure biotechnologijų pozityvumas buvo žymiai mažas, palyginti su CRS (P <0,05). Sansure biotechnologijų pozityvumas buvo žymiai mažas, palyginti su CRS (P <0,05). Положительные резльты sansure biotech ыыли значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Teigiami „Sansure Biotech“ rezultatai buvo žymiai mažesni, palyginti su CRS (P <0,05).与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0,05）。。与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0,05）。。 „Sansure Biotech“ ыло значительно менше положительных рез лтатов со со нению с crs (p <0,05). „Sansure Biotech“ rezultatai buvo žymiai mažiau teigiami, palyginti su CRS (P <0,05).Bendras keturių analizių susitarimas buvo 96,3–100%, palyginti su CRS. Be mažo „Sansure Biotech“ tyrimo pozityvumo greičio, keturių tyrimų veikimas buvo beveik palyginamas. Iš esmės „Sansure Biotech“ [tik tyrimų (RUO)] tyrimas reikalauja papildomo patvirtinimo, kad jis būtų naudojamas Etiopijoje. Galiausiai reikia atsižvelgti į papildomus tyrimus, norint įvertinti tyrimus su atitinkamais gamintojo teiginiais.
Laboratoriniai tyrimai yra Pasaulio sveikatos organizacijos (PSO) strateginio Coronaviruso ligos 2019 (Covidid-19) pasirengimo ir reagavimo (SPRP) dalis. PSO pataria, kad šalys turi kurti laboratorinius gebėjimus, kad būtų pagerinta pasirengimas, tinkamas atvejo valdymas, budrumas ir greitas reagavimas į visuomenės sveikatos iššūkius. Tai rodo, kad laboratorijos vaidmuo yra esminis dalykas apibūdinant kylančių infekcinių vaistų ligą ir epidemiologiją ir kontroliuojant jų plitimą.
Covidid-19 diagnozavimui reikalinga epidemiologinė ir medicininė informacija, asmeniniai simptomai/požymiai, rentgenografiniai ir laboratoriniai duomenys2. Po to, kai Covidid-19 protrūkis buvo praneštas Wuhane, Kinijoje, visame pasaulyje buvo sukurta daugybė komercinių nukleorūgščių amplifikacijos testų (NAAT). Realaus laiko atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininės reakcija (RRT-PGR) buvo naudojama kaip įprastas ir standartinis metodas, skirtas laboratorinei diagnozei diagnozuoti sunkios ūminio kvėpavimo sindromo 2 (SARS-COV-2) 3 infekcijos. SARS-COV-2 molekulinis aptikimas paprastai grindžiamas N (nukleokapsido baltymo genu), E (apvalkalo baltymo genu) ir RDRP (nuo RNR priklausomais RNR polimerazės geno) genais ORF1A/B (atviro skaitymo rėmo 1A/B). Gene) regionas, identifikuotas iš viruso genomo. Jie laikomi pagrindiniais konservuotais regionais, randamais viruso genomuose viruso atpažinimui4. Tarp šių genų RDRP ir E genai turi aukštą analitinio aptikimo jautrumą, o N genas turi mažą analitinį jautrumą5.
PGR tyrimų našumas gali skirtis priklausomai nuo įvairių veiksnių, tokių kaip: ekstrahavimo reagentai, amplifikacijos/aptikimo reagentai, ištraukimo metodas, PGR mašinos kokybė ir kiti instrumentai. Nuo 2020 m. Balandžio mėn. Daugiau nei 48 skirtingi diagnostiniai prietaisai iš devynių šalių gavo Covid-196 diagnostikos skubios reikšmės leidimą (EUA). Etiopijoje daugiau nei 14 realaus laiko PGR platformų naudojama PGR aptikti SARS-COV-2 26 visuomenės sveikatos įstaigose, įskaitant ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 ir Quant-Studio7. Be to, yra įvairių PGR testų rinkinių, tokių kaip „Daan Gene“ testas, Abbott SARS-COV-2 testas, „Sansure Biotech“ testas ir SARS-COV-2 BGI testas. Nors RRT-PGR yra labai jautrus, kai kurie pacientai, sergantys Covidid-19, praneša apie klaidingus neigiamus rezultatus dėl nepakankamų viruso ribonukleorūgšties (RNR) kopijų mėginiuose dėl netinkamo surinkimo, transportavimo, laikymo ir tvarkymo bei laboratorinių tyrimų. Personalo sąlygos ir veiksmai8. Be to, mėginio ar kontrolinio netinkamo elgesio, ciklo slenksčio (KT) nustatymas ir kryžminis reaktyvumas su kitomis patogeninėmis nukleorūgštėmis arba neaktyvi/likusiais SARS-COV-2 RNR gali sukelti klaidingų teigiamų rezultatų atliekant RRT-PCR9 tyrimus. Taigi akivaizdu, kad PGR testai iš tikrųjų gali nustatyti genų fragmentų nešiotojus, nes jie net negali atskirti tikrai aktyvių virusinių genų, todėl testai gali nustatyti tik nešiklius, o ne pacientus10. Todėl svarbu įvertinti diagnostinę veiklą naudojant standartinius metodus mūsų aplinkoje. Nors Etiopijos visuomenės sveikatos institute (EPHI) ir visoje šalyje daugelis NAAT reagentų yra prieinami, dar nebuvo pranešta apie jų veiksmingumo lyginamąjį įvertinimą. Todėl šiuo tyrimu buvo siekiama įvertinti lyginamąjį komerciškai prieinamų rinkinių rezultatą SARS-COV-2 aptikti RRT-PGR, naudojant klinikinius pavyzdžius.
Iš viso į šį tyrimą buvo įtraukti 164 dalyviai, kuriems įtariama Covid-19. Didžioji dalis mėginių buvo iš gydymo centrų (118/164 = 72%), o likę 46 (28%) dalyviai buvo iš gydymo centrų. Tarp dalyvių, kurie nebuvo gydomi centre, 15 (9,1%) buvo kliniškai įtariami ir 31 (18,9%) turėjo kontaktus su patvirtintais atvejais. Devyniasdešimt trys (56,7%) dalyviai buvo vyrai, o dalyvių vidutinis (± SD) amžius buvo 31,10 (± 11,82).
Šiame tyrime buvo nustatytas teigiamas ir neigiamas keturių Covidid-19 testų greitis. Taigi teigiami Abbott SARS-COV-2 tyrimo, Daan Gene 2019-NCOV tyrimo, SARS-COV-2 BGI tyrimo ir SANSURE Biotech 2019-NCOV tyrimas buvo atitinkamai 59,1%, 58,5%, 57,9% ir 55,5%. Teigiami ir neigiami kompoziciniai etaloniniai standartai (CRS) buvo atitinkamai 97 (59,1%) ir 67 (40,9%) (1 lentelė). Šiame tyrime CRS apibrėžimas buvo grindžiamas „bet kokia teigiama“ taisykle, pagal kurią iš keturių bandymo rezultatų du ar daugiau bandymo rezultatų, davusių tą patį rezultatą, buvo laikomi teisingais teigiamais ar neigiamais.
Šiame tyrime visoms analizėms nustatėme neigiamą 100% (95% PI 94,6–100) procentinį susitarimą (NPA), palyginti su CRS. Sansure biotechnologijų analizė parodė minimalų 93,8% (95% PI 87,2–97,1) PPA, o 2019-NCOV analizė DAAN GENE-NCOV-99,4% (95% PI 96,6–99,9). Priešingai, bendras SARS-COV-2 BGI tyrimo ir SANSURE Biotech 2019-NCOV tyrimo suderinimas buvo atitinkamai 98,8% ir 96,3% (2 lentelė).
Coheno Kappa susitarimo tarp CRS ir Abbott SARS-COV-2 tyrimo rezultatų koeficientas buvo visiškai nuoseklus (k = 1,00). Panašiai Coheno kappa vertės, aptiktos Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI ir SANSURE Biotech 2019-NCOV, taip pat visiškai atitinka CRS (k ≥ 0,925). Šioje lyginamojoje analizėje Chi-kvadrato testas (McNemar testas) parodė, kad „Sansure Biotech 2019-NCOV“ tyrimo rezultatai reikšmingai skyrėsi nuo CRS rezultatų (P = 0,031) (2 lentelė).
Kaip parodyta pav.1 Abbott SARS-COV-2 tyrimo (kombinuotas RDRP ir N genas) Mažiausios KT vertės (<20 CT) procentas buvo 87,6%, o ORF1A/B geno CT vertė SANSURE Biotech 2019-NCOV 2019 m. 1 Abbott SARS-COV-2 tyrimo (kombinuotas RDRP ir N genas) Mažiausios KT vertės (<20 CT) procentas buvo 87,6%, o ORF1A/B geno CT vertė SANSURE Biotech 2019-NCOV 2019 m.Kaip parodyta pav.1. ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) состаsakytas 3,2%. 1, Abbott SARS-COV-2 (kombinuoto geno RDRP ir N) CT vertės (<20 CT) analizės procentas buvo 87,6%, o „Sansure Biotech 2019-NCOV“ ORF1A/B geno analizės CT vertė parodė, kad mažos CT vertės (<20 CT) procentas (<20 CT) sudarė 50,3%, o aukštos vertės CT (36-40).如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比 （<20 CT） 为 87,6%， Sansure Biotech 2019-Ncov 检测的 Orf1a/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 CT) 的百分比为 50,3%， 高 高 值 值 值 值 的百分比为 的百分比为 的百分比为 3. Kaip parodyta 1 paveiksle, mažiausias Abbott SARS-COV-2 testo CT vertės procentas (<20 CT) (RDRP ir N geno derinys) yra 87,6%, o ORF1A/B geno CT CT vertė Sansure Biotech 2019-NCOV testas rodo žemą CT 值 (<20 CT). Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SarS-cov-2 (счетающий гены rdrp и n) иек саее ruošs рзере 87,6%, аначение ct гена orf1a/b в ислеeigię „Sansure Biotech 2019“- аализ ncov покkaitę низкийийийийийийий й. Kaip parodyta 1 paveiksle, Abbott SARS-COV-2 tyrimas (derinant RDRP ir N genus) turėjo mažiausią procentinę KT vertę (<20 CT), esant 87,6%, o CT vertė-ORF1A/B geno 2019 m. Tyrimo metu-NCOV analizė parodė žemą CT. Процент значений (<20 ct) составиpas 50,3%, ароцент ыыких значений ct (36–40 ct) состаeigų 3,2%. Verčių (<20 CT) procentinė dalis buvo 50,3%, o aukštų KT verčių (36–40 CT) procentinė dalis buvo 3,2%.Abbott SARS-COV-2 B testas užfiksavo KT vertes virš 30. Kita vertus, BGI SARS-COV-2 tyrime ORF1A/B genas turėjo didelę KT vertę (> 36 CT) procentinė dalis buvo 4% (1 pav.). Kita vertus, BGI SARS-COV-2 tyrime ORF1A/B genas turėjo didelę KT vertę (> 36 CT) procentinė dalis buvo 4% (1 pav.). С друой сороны, в анализе BGI SARS-COV-2 ген Orf1a/B иел ысокое значение ct (> 36 CT), проценоетunk. 1). Kita vertus, analizuojant BGI SARS-COV-2 geną ORF1A/B, buvo aukšta KT vertė (> 36 CT), kurių procentas buvo 4% (1 pav.).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。。 Kita vertus, aptikus BGI SARS-COV-2, ORF1A/B geno, turinčio didelę KT vertę, procentas (> 36 CT) yra 4% (1 paveikslas). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. 1). Kita vertus, atliekant BGI SARS-COV-2 analizę, ORF1A/B genų, turinčių dideles KT vertes, procentas (> 36 CT) buvo 4% (1 pav.).
Šiame tyrime mes paėmėme 164 nosiaryklės mėginius. Visų tipų tyrimams RNR išskyrimas ir amplifikacija buvo atlikta naudojant atitinkamų gamintojų rekomenduojamus metodus ir rinkinius.
Šis tyrimas parodė, kad Abbott SARS-COV-2 testas turi tokį patį aptikimo rezultatą kaip ir CRS, turintis 100% teigiamą, neigiamą ir bendrą suderinamumą. Coheno „Kappa“ susitarimas yra 1,00, tai rodo visišką susitarimą su CRS. Panašiame JAV Vašingtono universiteto tyrime nustatyta, kad SARS-COV-2 ABBOTT testo bendras jautrumas ir specifiškumas buvo atitinkamai 93% ir 100%, palyginti su CDC laboratorijoje nustatytu tyrimu (LDA). 11. Abbott SARS-COV-2 aptikimo sistema yra pagrįsta tuo pačiu metu kombinuotu N ir RDRP genų aptikimu, nes abu genai yra jautresni, sumažindami klaidingus negatyvus12. Tyrimas Vienoje, Austrijoje, taip pat parodė, kad dideli ekstrahavimo mėginių tūriai ir aptikimo tūriai sumažino skiedimo poveikį ir padidino aptikimo efektyvumą13. Taigi „Abbott“ tobulas SARS-COV-2 tyrimo atitikimas gali būti susietas su platformos aptikimo sistema, kuri tuo pačiu metu aptinka kombinatorinius genus, ištraukia daugybę mėginių (0,5 ml) ir naudoja didelį kiekį elimo (40 µL).
Mūsų rezultatai taip pat parodė, kad DAAN genetinio tyrimo aptikimo efektyvumas buvo beveik toks pat kaip CRS. Tai atitinka tyrimą14, atliktą Anhui universitete Huainane, Kinijoje, ir gamintojo reikalavimas dėl 100% teigiamo susitarimo. Nepaisant pranešimų apie nuoseklius rezultatus, vienas imtis buvo klaidingai neigiamas po to, kai buvo pakartotinai patikslinus tą patį elate, tačiau Abbott SARS-COV-2 ir „Sansure Biotech NCOV-2019“ tyrimuose buvo teigiamas. Tai rodo, kad skirtingų tipų tyrimų rezultatai gali skirtis. Nepaisant to, tyrime, atliktame Kinijoje15, DAAN geno tyrimo rezultatas reikšmingai skyrėsi (P <0,05), palyginti su jų laboratorijos apibrėžtu etaloniniu tyrimu. Nepaisant to, tyrime, atliktame Kinijoje15, DAAN geno tyrimo rezultatas reikšmingai skyrėsi (P <0,05), palyginti su jų laboratorijos apibrėžtu etaloniniu tyrimu. A лабораторного эталонного анализа. Tačiau tyrime Kinijoje15 Daan Gene analizės rezultatas buvo žymiai skirtingas (P <0,05) nuo jų laboratorinės etaloninės analizės.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0,05）。。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Оantu в в иседовании, провевеином к китае15, резлтаты генетического тестyrus значиииeigianti сравнению с го эталонėtis лоораторantu т тестом. Tačiau tyrime Kinijoje15 Daano genetinio tyrimo rezultatai reikšmingai skyrėsi (P <0,05), palyginti su jo etaloniniu laboratoriniu tyrimu.Šis neatitikimas gali būti susijęs su etaloninio testo jautrumu aptikti SARS-COV-2, ir norint nustatyti priežastį, gali būti svarbūs kiti tyrimai.
Be to, mūsų tyrimas įvertino SARS-COV-2 BGI tyrimo palyginamąjį rezultatą su CRS, parodant puikų teigiamą procentinį susitarimą (PPA = 97,9%), neigiamą procentinį susitarimą (NPA = 100%) ir bendrą procentinį susitarimą pagal lytį (OPA). ). = 98,8%). Coheno kappa vertės parodė gerą sutikimą (k = 0,975). Tyrimai Nyderlanduose16 ir Kinijoje15 parodė nuoseklius rezultatus. SARS-COV-2 BGI testas yra vieno geno (ORF1A/B) aptikimo testas, naudojant 10 µL amplifikaciją/aptikimo ELUT. Nepaisant gero statistinio susitarimo su mūsų etaloniniais rezultatais, analizė praleido du teigiamus visų mėginių pavyzdžius (1,22%). Tai gali turėti didžiulę klinikinę įtaką perdavimo dinamikai tiek paciento, tiek bendruomenės lygmeniu.
Kita palyginamoji analizė, įtraukta į šį tyrimą, buvo „Sansure Biotech NCOV-2019“ RRT-PGR (RUO) tyrimas; Bendras atitikties procentas buvo 96,3%. Susitarimo stiprumą taip pat nustatė Coheno „Kappa“ vertė, kuri buvo 0,925, tai rodo visišką susitarimą su CRS. Vėlgi, mūsų rezultatai yra identiški tyrimams, atlikti Centriniame Pietų universitete Changsha mieste, Kinijoje, ir Liuzhou Liaudų ligoninės klinikinės laboratorijos katedroje, Liuzhou mieste, Kinija17. Nors buvo užfiksuotas aukščiau pateiktas geras statistinis atitikimas, Chi-kvadrato testas (MacNemar testas) parodė, kad Sansure biotechnologijų tyrimo rezultatas buvo statistiškai reikšmingas skirtumas, palyginti su CRS (P <0,005). Nors buvo užfiksuotas aukščiau pateiktas geras statistinis atitikimas, Chi-kvadrato testas (MacNemar testas) parodė, kad Sansure biotechnologijų tyrimo rezultatas buvo statistiškai reikšmingas skirtumas, palyginti su CRS (P <0,005). T (кри vynų 0,005). Nors buvo užfiksuotas aukščiau pateiktas geras statistinis susitarimas, Chi-kvadrato testas (McNemar testas) parodė, kad Sansure biotechnologijų tyrimo rezultatas buvo statistiškai reikšmingas skirtumas, palyginti su CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （„MacNemar“ 检验） 表明 ， sansure biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0,005）。尽管 记录 了 良好 统计 一致性 ， ， 但 检验 （（MacNemar 检验 表明 ， ， Sansure Biotech 检测 结果 与 Crs 相比 具有 显着 显着 （（P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））））））））） A статистически значимю р рницц (p <0,005) межжж анализом sansure biotech и crs. Nepaisant aukščiau nurodyto gero statistinio susitarimo, Chi-kvadrato testas (McNemar testas) parodė statistiškai reikšmingą skirtumą (p <0,005) tarp Sansure biotechnologijų tyrimo ir CRS.Nustatyta, kad šeši mėginiai (3,66%) yra klaidingi negatyvūs, palyginti su CRS (1 papildoma lentelė); Tai labai svarbu, ypač atsižvelgiant į viruso perdavimo dinamiką. Aukščiau pateikti duomenys taip pat palaiko šį mažą aptikimo greitį15.
Šiame tyrime buvo nustatyta kiekvieno tyrimo ir atitinkamos platformos KT vertės, kurių vidutinė KT vertė buvo nurodyta Abbott SARS-COV-2 tyrime. Šis rezultatas gali būti susijęs su Abbott'o vienu metu susijusiomis genetinių tyrimų sistema SARS-COV-2 aptikimui. Todėl, remiantis 1 paveikslu, 87,6% Abbott SARS-COV-2 rezultatų buvo mažesnės nei 20 CT verčių. Tik nedaugelis mėginių rezultatų (12,4%) buvo 20–30 diapazone. KT vertės, viršytos 30, nebuvo užfiksuotos. Šis rezultatas gali būti susijęs ne tik su Abbott SARS-COV-2 genetinio bandymo formato naudojimu, bet ir susijęs su mažesne aptikimo riba (32,5 RNR kopijos/ml) 18, kuris yra tris kartus mažesnis nei bendrovės žemesnė 100 RNR kopijų/ml. ml) 19.
Šis tyrimas turi tam tikrų apribojimų: pirma, mes neturime standartinių/pamatinių metodų [pvz., Viruso apkrovos ar kitų laboratorinių tyrimų (LDA)] dėl išteklių trūkumo. Antra, visi šiame tyrime naudojami egzemplioriai buvo nosiaryklės tamponai, tuo tarpu rezultatai nebuvo taikomi kitiems pavyzdžių tipams, o trečia, mūsų imties dydis buvo mažas.
Šis tyrimas palygino keturių SARS-COV-2 RRT-PGR tyrimų, naudojant nosiaryklės mėginius, rezultatus. Visi aptikimo tyrimai turėjo beveik palyginamą veikimą, išskyrus „Sansure Biotech“ tyrimą. Be to, Sansure biotechnologijų tyrime buvo nustatytas mažas pozityvumo greitis, palyginti su CRS (P <0,05). Be to, Sansure biotechnologijų tyrime buvo nustatytas mažas pozityvumo greitis, palyginti su CRS (P <0,05). Кроме того, в т т sansure biotech ыы ыылен низкий процент положительных рзззттов по соложteris с crs (p <0,05). Be to, „Sansure Biotech“ testas parodė mažą teigiamų rezultatų procentą, palyginti su CRS (P <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме того, анализ sansure biotech иел более низкий уровень положительных реззтатов со соложию с crs (p <0,05). Be to, „Sansure Biotech“ tyrimas turėjo mažesnį pozityvumo greitį, palyginti su CRS (P <0,05).„Sansure Biotech NCOV-2019“ (RUO) PPA, NPA ir bendro susitarimo analizė viršijo 93,5%, o „Cohen Kappa“ stiprumas susitarimo vertė buvo 0,925. Galiausiai Sansure biotechnologijų tyrimui (RUO) reikia toliau patvirtinti, kad būtų galima naudoti Etiopijoje, ir reikia atsižvelgti į papildomus tyrimus, kad būtų galima įvertinti atskirus gamintojų teiginius.
Lyginamasis tyrimo projektas buvo atliktas keturiose sveikatos priežiūros įstaigose Adis Abeboje, Eka Kotebe ligoninėje, Tūkstantmečio bažnyčios gydymo centre, Zewooditu memorialinėje ligoninėje ir Šv. Petro tuberkuliozės specialistų ligoninėje. Duomenys buvo surinkti nuo 2020 m. Gruodžio 1 d. Iki 31 m. Šio tyrimo medicinos įstaigos buvo tikslingai pasirinktos atsižvelgiant į jų didelį atvejų skaičių ir didelių miesto gydymo centrų prieinamumą. Panašiai instrumentai, įskaitant ABI 7500 ir Abbott M2000 realaus laiko PGR instrumentus, buvo parinkti pagal NAAT reagentų gamintojų rekomendacijas, o šiam tyrimui buvo atrinkti keturi PGR aptikimo rinkiniai, nes dauguma Etiopijos laboratorijų naudojo bent keturis iš jų. Gene testas, Abbott SARS-COV-2 testas, Sansure Biotech testas ir SARS-COV-2 BGI testas, atliktas tyrimo metu).
SARS-COV-2 bandymai buvo atlikti nuo 2020 m. Gruodžio 1–30 d., Naudojant 3 ml viruso transportavimo terpės (VTM) („Miraclean Technology“, Shenzhen, Kinija) iš asmenų, tiriamų Covid-19, nurodytų Ephi. Nasopharingeal mėginiai buvo surinkti iš apmokytų mėginių kolekcionierių ir išsiųsti į Ephi trigubomis pakuotėmis. Prieš nukleorūgščių išskyrimą kiekvienam mėginiui priskiriamas unikalus identifikavimo numeris. Ištraukimas iš kiekvieno mėginio atliekamas nedelsiant atvykus, naudojant rankinius ir automatinius ištraukimo metodus. Taigi, norint automatiškai ištraukti Abbott M2000, mėginio buvo išgauta 1,3 ml (įskaitant 0,8 ml negyvą tūrį ir 0,5 ml ekstrahavimo įleidimo tūrio tūrį) iš kiekvieno mėginio ir perduodama per ABBOTT DNR mėginio paruošimo sistemą (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, JAV). ) Į bendrą SARS-COV-2 (EUA) dviejų raundų (EUA) bendrą procesą (paiešką ir aptikimą) 96 [92 mėginiai, du aptikimo kontroliniai ir du ne temperatūrų valdikliai (NTC). Kasyba. Panašiai, norint ištraukti rankinį, naudokite tuos pačius pavyzdžius (automatiniam ištraukimui ir atradimui). Taigi viso proceso metu 140 µL mėginiai buvo alikvotiniai ir ekstrahuojami naudojant „Qiaamp“ viruso RNR mini rinkinį (Qiagen GmbH, Hilden, Vokietija) 24 partijose (įskaitant 20 mėginių, dviejų tyrimų kontrolės ir du NTC) per devynis raundus. Rankiniu būdu ekstrahuojami eluatai buvo amplifikuoti ir aptikti naudojant ABI 7500 šiluminį ciklą, naudojant SARS-COV-2 BGI tyrimą, DAAN geno tyrimą ir „Sansure Biotech“ tyrimą.
Automatizuota SARS-COV-2 viruso RNR išskyrimas ir valymas yra magnetinio granulių principas, naudojant Abbott DNR mėginio paruošimo reagentus. Mėginių inaktyvacija ir virusinių dalelių tirpinimas atliekamas naudojant ploviklį, kuriame yra guanidino izotiocianato, kad būtų galima denatruoti baltymą ir inaktyvinti RNazę. Tada RNR nuo baltymo atskirta kietos fazės atskyrimu naudojant silicio dioksidą, ty guanidinium druską ir lizės buferio šarminį pH skatina nukleorūgščių jungimąsi prie silicio dioksido (SiO2). Skalavimo žingsnis pašalina likusius baltymus ir šiukšles, kad būtų gautas aiškus sprendimas. Skaidri RNR yra išskirta iš silicio dioksido pagrindu pagamintų mikrodalelių, naudojant prietaiso magnetinį lauką20,21. Kita vertus, rankinis RNR išskyrimas ir išvalymas atliekamas nugaros kolonėlės metodu, naudojant centrifugavimą, o ne magnetinį stovą ir mikrodalelių atskyrimą nuo eliminuoto.
„Abbott“ realaus laiko SARS-COV-2 aptikimo testas (Abbott Molecular, Inc.) buvo atliktas pagal gamintojo instrukcijas, kurios gavo EUA19,22 iš PSO ir FDA. Pagal šį protokolą mėginio inaktyvacija prieš ekstrahavimą buvo atliekama vandens vonioje 56 ° C temperatūroje 30 min. Po viruso inaktyvacijos nukleorūgšties ekstrahavimas buvo atliktas naudojant Abbott M2000 SP instrumentą iš 0,5 ml VTM, naudojant ABBOTT M2000 DNR mėginių paruošimo sistemą. Anot gamintojo. Amplifikacija ir aptikimas buvo atliktas naudojant ABBOTT M2000 RT-PGR instrumentą, o RDRP ir N genams buvo atliktas dvigubas aptikimas. ROX) ir VIC P (patentuotų dažų) vidinių kontrolės priemonių taikymui ir aptikimui, leidžiant vienu metu aptikti abiejų amplifikacijos produktus 19.
Šio rinkinio amplifikacijos aptikimo metodas yra pagrįstas vieno žingsnio RT-PGR technologija. ORF1A/B ir N genai buvo parinkti kaip konservuoti regionai DAAN genų technologija, kad būtų galima nustatyti tikslinės srities amplifikaciją. Specifiniai pradmenys ir fluorescenciniai zondai (n genų zondai, pažymėti FAM, ORF1A/B zondais, pažymėtais VIC), buvo skirti aptikti SARS-COV-2 RNR mėginiuose. Galutiniai eliujų ir pagrindiniai mišiniai buvo paruošti pridedant 5 µl elimo į 20 µl pagrindinio mišinio iki galutinio tūrio - 25 µl. Amplifikacija ir aptikimas buvo atliekamas vienu metu naudojant ABI 750024 realaus laiko PGR instrumentą.
ORF1A/B ir N genai buvo aptikti naudojant „Sansure Biotech NCOV-2019“ nukleorūgšties diagnostikos rinkinį (fluorescencinis PGR aptikimas). Paruoškite konkrečius kiekvieno taikinio geno zondus, pasirinkdami FAM kanalą ORF1A/B sričiai ir ROX kanalui N genui. Prie šio tyrimo rinkinio pridedami „ELuent“ ir „Master Mix“ reagentai taip: Paruoškite 30 µL Master Mix reagento ir 20 µL iškloto mėginio aptikimui/amplifikacijai. Atlikus amplifikaciją/aptikimą buvo naudojamas realaus laiko PGR ABI 750025.
SARS-COV-2 BGI testas yra fluorescencinis realaus laiko RRT-PGR rinkinys, skirtas diagnozuoti Covid-19. Tikslinis regionas yra SARS-COV-2 genomo ORF1A/B regione, kuris yra vieno geno aptikimo metodas. Be to, žmogaus namų tvarkymo genas β-aktinas yra vidinis taikinio genas. Pagrindinis mišinys yra paruoštas sumaišant 20 µL pagrindinio mišinio reagento ir 10 µl ekstrahuoto RNR mėginio šulinyje26. Amplifikacijai ir aptikimui buvo naudojamas ABI 7500 fluorescencinis kiekybinis realaus laiko PGR prietaisas. Visos branduolio rūgšties amplifikacija, kiekvieno tyrimo PGR vykdymo sąlygos ir rezultatų aiškinimas buvo atliktas pagal atitinkamo gamintojo instrukcijas (3 lentelė).
Šioje lyginamojoje analizėje mes nenaudojome etaloninio standartinio metodo, kad nustatytume procentinį susitarimą (teigiamą, neigiamą ir bendrą) ir kitus keturių analizių palyginimo parametrus. Kiekvienas testo palyginimas buvo atliktas su CRS. Šiame tyrime CRS buvo nustatyta pagal taisyklę „bet koks teigiamas“ ir rezultatas buvo nustatytas, o ne vienu testu, mes panaudojome bent du suderintus bandymo rezultatus. Be to, „Covid-19“ perdavimo atveju klaidingi neigiami rezultatai yra pavojingesni nei klaidingai teigiami rezultatai. Todėl norint pasakyti „teigiamas“ kuo tiksliau iš CRS rezultato, bent du tyrimo testai turi būti teigiami, tai reiškia, kad bent vienas teigiamas rezultatas greičiausiai atsiras iš EUA tyrimo. Taigi iš keturių bandymo rezultatų du ar daugiau bandymo rezultatų, kurie duoda tą patį rezultatą, laikomi teisingais teigiamais arba neigiamais 18,27.
Duomenys buvo renkami naudojant struktūrizuotų duomenų ištraukimo formas, duomenų įvedimą ir analizę buvo atlikti naudojant „Excel“ statistinę programinę įrangą ir SPSS 23.0 versiją, kad būtų aprašyta aprašomoji statistika. Buvo išanalizuotas teigiamas, neigiamas ir bendras procentinis susitarimas, o kiekvieno metodo susitarimo laipsniui nustatyti su CRS buvo naudojamas kappa balas. „Kappa“ vertės aiškinamos taip: 0,01–0,20 dėl švelnaus susitarimo, nuo 0,21 iki 0,40 dėl bendrojo susitarimo, 0,41–0,60 dėl vidutinio susitarimo, 0,61–0,80 dėl pagrindinio susitarimo ir 0,81–0,99 už visą susitarimą28.
Etinis klirensas buvo gautas iš Adis Abebos universiteto ir visus šio tyrimo eksperimentinius protokolus patvirtino Etiopijos visuomenės sveikatos instituto mokslinės etikos apžvalgos taryba. Efi etikos licencijos nuorodos numeris yra Ephi/IRB-279-2020. Visi metodai buvo taikomi laikantis Etiopijos nacionalinių bendrų COVID-19 gydymo gairių rekomendacijų ir nuostatų. Be to, prieš dalyvavimą tyrime buvo gautas rašytinis informuotas sutikimas.
Visi šiame tyrime gauti ar analizuoti duomenys yra įtraukti į šį paskelbtą straipsnį. Duomenis, patvirtinančius šio tyrimo rezultatus, galite gauti iš atitinkamo autoriaus, pagrįstai paprašius.
Pasaulio Sveikatos Organizacija. „Covid-19“ laboratorinių tyrimų strategijų rekomendacijos: laikinosios rekomendacijos, 2020 m. Kovo 21 d. Nr. PSO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (PSO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. ir Gourgoulianis, Ki Covid-19 intelektualioji diagnozė skubios pagalbos skyriuje: „All-In“ praktikoje. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. ir Gourgoulianis, Ki Covid-19 intelektualioji diagnozė skubios pagalbos skyriuje: „All-In“ praktikoje.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ir Gurgulianis, Ki intelektualioji Covid-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: viskas praktiškai.„Muliou DS“, „Pantazopoulos I.“ ir „Gurgulyanis Ki“ intelektualios Covid-19 diagnozės skubios pagalbos skyriuose: integracija nuo galo iki galo praktiškai. Ekspertas gerbėjas Respire. vaistas. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. „Covid19 ID“ įvertinimas dabar EUA tyrimas. Mitchell, SL & St George, K. „Covid19 ID“ įvertinimas dabar EUA tyrimas.Mitchell, SL ir St. George, K. „Covid19 ID“ įvertinimas dabar EUA tyrimas.Mitchell SL ir St. George K. „Covid19 ID“ įvertinimas dabar EUA tyrimas. J. klinikinė. Virusas. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
PSO. Koronavirusinės ligos 2019 (Covidid-19) laboratorinė aptikimas sergant įtariama žmonių liga. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (pasiekta 2020 m. Rugpjūčio 15 d.) (PSO, 2020 m.).
Udugama, B. et al. Covid-19 diagnozė: ligos ir bandymo priemonės. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Rytų, Centrinės ir Pietų Afrikos patologų koledžo įsteigimas - Vidurinių Rytų ir Pietų Afrikos regioninė patologijos mokykla. Afrika. J. Lab. vaistas. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopijos visuomenės sveikatos institutas, Federalinė sveikatos ministerija. Laikinoji nacionalinė strategija ir Covidid-19 laboratorinės diagnozės gairės. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (pasiekta 2020 m. Rugpjūčio 12 d.) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. ir Kesselheim kaip klaidingi neigiami SARS-COV-2 infekcijos iššūkių ir padarinių testai. Woloshin, S., Patel, N. ir Kesselheim kaip klaidingi neigiami SARS-COV-2 infekcijos iššūkių ir padarinių testai.Voloshin S., Patel N. ir Kesselheim kaip klaidingai neigiami SARS-COV-2 infekcijų ir jų pasekmių testai.Voloshin S., Patel N. ir Kesselheim kaip klaidingai neigiami provokacijos ir SARS-COV-2 infekcijos poveikio testai. N. Eng. J. Medicina. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS ir Gourgoulianis, KI klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami Covidid-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir valdymo strategijos, skiepijimas ir tolesnės perspektyvos. Mouliou, DS ir Gourgoulianis, KI klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami Covidid-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir valdymo strategijos, skiepijimas ir tolesnės perspektyvos. MOULIIU, DS & GoUurgoulianis, Ki ложноположительные и ложнотрицатеestыные слчаи covid-19: респетukantu прииикyrus иа ии иевиииииyš, респеторнeiči профикикest и и иеевевииtuo проикyrus иа есевееterio проилвктиest и и иевевевииtuo проикyrus иа иabar гечииикикsis иеси печиилesio ткикв иесевеиииикиyš ūmai вакцинация и дальнейшие перспекти pasiršęs. Muliou, DS ir Gourgoulianis, KI klaidingi teigiami ir klaidingi neigiami Covidid-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir gydymo strategijos, skiepai ir kelias į priekį.Muliu, DS ir Gurgulianis, KI klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami Covidid-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir gydymo strategijos, skiepai ir kelias į priekį. Ekspertas gerbėjas Respire. vaistas. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. ir Konstantinos, G. Covid-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: Matydami medį, bet prarandate mišką. Mouliou, DS, Ioannis, P. ir Konstantinos, G. Covid-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: Matydami medį, bet prarandate mišką.Mouliou, DS, Ioannis, P. ir Konstantinos, G. Covid-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: Žr. Medį, pameskite mišką.Muliou DS, Ioannis P. ir Konstantinos G. Covid-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuose: nepakankamai miško medžiams. Pasirodyti. vaistas. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ir kt. Abbott realaus laiko SARS-COV-2 tyrimo analitinių ir klinikinių rezultatų patvirtinimas ir patvirtinimas. J. klinikinė. Virusas. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Palyginimas penki pradmenų rinkiniai iš skirtingo Covidid-19 genomo regiono, kad būtų galima nustatyti viruso infekciją įprastu RT-PGR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų Covidid-19 genomo regionų palyginimas, kad viruso infekcija būtų nustatyta įprastu RT-PGR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ir Aflatunyan, B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų Covidid-19 genomo regionų palyginimas, kad būtų galima nustatyti viruso infekciją įprastiniu RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 5 skirtingų Covidid-19 genetinių regionų palyginimas, kad būtų galima nustatyti virusinę infekciją įprastiniu RT-PGR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ir Aflatunyan B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų Covidid-19 genomo regionų palyginimas, skirtas viruso infekcijai nustatyti įprastu RT-PGR.Iranas. J. Mikrobiologija. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Preliminarūs Nacionalinės išorinės kokybės vertinimo programos, skirtos SARS-COV-2 genomo sekų aptikimui, rezultatai. J. klinikinė. Virusas. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analitinis penkių RT-PGR rinkinių veiksmingumo įvertinimas sunkiems ūminio kvėpavimo sindromui Coronavirus 2. J. Klinikinis. laboratorija. išangė. 35 (1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Septynių komerciškai prieinamų SARS-COV-2 RNR aptikimo rinkinių Kinijoje įvertinimas, remiantis realaus laiko polimerazės grandinine reakcija (PGR). klinikinė. Cheminė. laboratorija. vaistas. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB ir kt. Septynių komercinių RT-PGR Covid-19 diagnostikos rinkinių palyginimas. J. klinikinė. Virusas. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu ir kt. Dviejų PGR rinkinių diagnostinių savybių palyginimas SARS-COV-2 nukleorūgščių aptikimui. J. klinikinė. laboratorija. išangė. 34 (10), E23554 (2020).
Lefartas, PR ir kt. Lyginamasis keturių SARS-COV-2 nukleorūgščių amplifikavimo (NAAT) platformų lyginamasis tyrimas parodė, kad ID dabar veikimas buvo žymiai skaidomas priklausomai nuo paciento ir mėginio tipo. diagnozė. Mikrobiologija. Užkrėsti. dis. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekulė. „Abbott“ realaus laiko SARS-COV-2 analizės paketo įdėklas. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infecticious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Nuo 2020 m. Rugpjūčio 10 d.) (2020 m.).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNR išskyrimas, naudojant magnetines granules, kad greitas didelio masto nustatymas RT-QPCR ir RT-lempu. Virusas 12 (8), 863 (2020).