Keturių nukleorūgščių amplifikacijos tyrimų, skirtų SARS-CoV-2 identifikavimui Etiopijoje, atlikimas

Dėkojame, kad apsilankėte Nature.com. Naudojate naršyklės versiją su ribotu CSS palaikymu. Norėdami gauti geriausią patirtį, rekomenduojame naudoti atnaujintą naršyklę (arba išjungti suderinamumo režimą „Internet Explorer“). Be to, siekdami užtikrinti nuolatinį palaikymą, svetainę rodome be stilių ir „JavaScript“.
Rodo trijų skaidrių karuselę vienu metu. Naudokite mygtukus „Ankstesnis“ ir „Kitas“, kad vienu metu pereitumėte per tris skaidres, arba naudokite slankiklio mygtukus gale, kad vienu metu pereitumėte per tris skaidres.
Nuo 2019 m. koronaviruso ligos (COVID-19) protrūkio visame pasaulyje buvo sukurta daug komercinių nukleorūgščių amplifikacijos testų (NRAT), kurie tapo standartiniais tyrimais. Nors keli testai buvo greitai sukurti ir pritaikyti laboratoriniams diagnostiniams tyrimams, šių testų veikimas nebuvo įvertintas įvairiomis sąlygomis. Todėl šio tyrimo tikslas buvo įvertinti „Abbott SARS-CoV-2“, „Daan Gene“, BGI ir „Sansure Biotech“ tyrimų veikimą naudojant sudėtinį etaloninį standartą (CRS). Tyrimas buvo atliktas Etiopijos visuomenės sveikatos institute (EPHI) nuo 2020 m. gruodžio 1 d. iki 30 d. Naudojant „QIAamp RNA mini“ rinkinį ir „Abbott“ DNR mėginių paruošimo sistemą buvo paimti 164 nosiaryklės mėginiai. Iš 164 mėginių 59,1 % buvo teigiami, o 40,9 % – neigiami CRS atžvilgiu. „Sansure Biotech“ teigiamumo rodiklis buvo reikšmingai mažesnis, palyginti su CRS (p < 0,05). „Sansure Biotech“ teigiamumo rodiklis buvo reikšmingai mažesnis, palyginti su CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). „Sansure Biotech“ teigiami rezultatai buvo žymiai mažesni, palyginti su CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). „Sansure Biotech“ grupėje teigiamų rezultatų buvo žymiai mažiau, palyginti su CRS (p < 0,05).Bendras keturių analizių atitikimas, palyginti su CRS, buvo 96,3–100 %. Be mažo „Sansure Biotech“ tyrimo teigiamumo rodiklio, keturių tyrimų rezultatai buvo beveik panašūs. Todėl „Sansure Biotech“ [tik tyrimams (RUO)] tyrimas reikalauja papildomo patvirtinimo, kad jį būtų galima naudoti Etiopijoje. Galiausiai, reikėtų apsvarstyti papildomus tyrimus, siekiant įvertinti tyrimus su atitinkamais gamintojų teiginiais.
Laboratoriniai tyrimai yra Pasaulio sveikatos organizacijos (PSO) 2019 m. koronaviruso ligos (COVID-19) pasirengimo ir reagavimo į ją strateginio plano (SPRP) dalis. PSO rekomenduoja šalims stiprinti laboratorinius pajėgumus, siekiant pagerinti pasirengimą, tinkamą atvejų valdymą, budrumą ir greitą reagavimą į visuomenės sveikatos problemas. Tai rodo, kad laboratorijos vaidmuo yra labai svarbus apibūdinant ligą ir naujų infekcinių ligų sukėlėjų epidemiologiją bei kontroliuojant jų plitimą.
COVID-19 diagnozei reikalinga epidemiologinė ir medicininė informacija, asmeniniai simptomai / požymiai bei radiografiniai ir laboratoriniai duomenys2. Nuo tada, kai Uhane, Kinijoje, buvo pranešta apie COVID-19 protrūkį, visame pasaulyje buvo sukurta daug komercinių nukleorūgščių amplifikacijos testų (NRAT). Realaus laiko atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija (rRT-PGR) buvo naudojama kaip įprastas ir standartinis metodas sunkios ūminės respiracinės sindromo 2 (SARS-CoV-2)3 infekcijos laboratorinei diagnostikai. SARS-CoV-2 molekulinis nustatymas paprastai grindžiamas N (nukleokapsidės baltymo genas), E (apvalkalo baltymo genas) ir RdRp (RNR priklausomas RNR polimerazės genas) genais ORF1a/b (atviras skaitymo rėmelis 1a/b genas) regione, identifikuotais iš viruso genomo. Jie laikomi pagrindiniais konservuotais regionais, randamais virusų genomuose, skirtais virusų atpažinimui4. Iš šių genų RdRp ir E genai pasižymi dideliu analitiniu aptikimo jautrumu, o N genas – mažu analitiniu jautrumu5.
PGR tyrimų našumas gali skirtis priklausomai nuo įvairių veiksnių, tokių kaip: ekstrakcijos reagentai, amplifikacijos / aptikimo reagentai, ekstrakcijos metodas, PGR aparato kokybė ir kiti prietaisai. 2020 m. balandžio mėn. duomenimis, daugiau nei 48 skirtingi diagnostikos prietaisai iš devynių šalių gavo skubios pagalbos naudojimo leidimą (EUA) COVID-196 diagnostikai. Etiopijoje 26 visuomenės sveikatos įstaigose, įskaitant ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ir Quant-studio7, SARS-CoV-2 PGR aptikimui naudojama daugiau nei 14 realaus laiko PGR platformų. Be to, yra įvairių PGR tyrimų rinkinių, tokių kaip Daan Gene testas, Abbott SARS-CoV-2 testas, Sansure Biotech testas ir SARS-CoV-2 BGI testas. Nors rRT-PGR yra labai jautrus, kai kurie COVID-19 sergantys pacientai pateikia klaidingai neigiamus rezultatus dėl nepakankamo virusinės ribonukleino rūgšties (RNR) kopijų kiekio mėginiuose dėl netinkamo surinkimo, transportavimo, laikymo ir tvarkymo, taip pat laboratorinių tyrimų sąlygų ir personalo veiksmų8. Be to, netinkamas mėginių ar kontrolinių mėginių tvarkymas, ciklo slenksčio (Ct) nustatymas ir kryžminis reaktyvumas su kitomis patogeninėmis nukleorūgštimis arba neaktyvia/likutine SARS-CoV-2 RNR gali lemti klaidingai teigiamus rRT-PGR9 tyrimų rezultatus. Taigi, akivaizdu, kad PGR tyrimai iš tiesų gali nustatyti genų fragmentų nešiotojus, nes jie net negali atskirti iš tikrųjų aktyvių virusinių genų, todėl tyrimai gali nustatyti tik nešiotojus, o ne pacientus10. Todėl svarbu įvertinti diagnostinį veiksmingumą naudojant standartinius metodus mūsų aplinkoje. Nors Etiopijos visuomenės sveikatos institute (EPHI) ir visoje šalyje yra daug NAAT reagentų, dar nepateikta jokių jų veiksmingumo lyginamųjų vertinimų. Todėl šio tyrimo tikslas buvo įvertinti komerciškai prieinamų rinkinių, skirtų SARS-CoV-2 aptikimui rRT-PGR metodu naudojant klinikinius mėginius, lyginamąjį veiksmingumą.
Šiame tyrime dalyvavo iš viso 164 dalyviai, kuriems buvo įtariama COVID-19. Dauguma mėginių buvo iš gydymo centrų (118/164 = 72 %), o likę 46 (28 %) dalyviai buvo iš ne gydymo centrų. Iš centre negydytų dalyvių 15 (9,1 %) turėjo kliniškai įtariamus atvejus, o 31 (18,9 %) turėjo kontaktų su patvirtintais atvejais. Devyniasdešimt trys (56,7 %) dalyviai buvo vyrai, o vidutinis (± SD) dalyvių amžius buvo 31,10 (± 11,82) metų.
Šiame tyrime buvo nustatytas keturių COVID-19 testų teigiamų ir neigiamų rezultatų dažnis. Taigi, „Abbott SARS-CoV-2“ tyrimo, „Daan Gene 2019-nCoV“ tyrimo, SARS-CoV-2 BGI tyrimo ir „Sansure Biotech 2019-nCoV“ tyrimo teigiamų rezultatų dažnis buvo atitinkamai 59,1 %, 58,5 %, 57,9 % ir 55,5 %. Teigiamų ir neigiamų sudėtinio etaloninio standarto (CRS) balų skaičius buvo atitinkamai 97 (59,1 %) ir 67 (40,9 %) (1 lentelė). Šiame tyrime CRS apibrėžimas buvo pagrįstas „bet kokio teigiamo“ taisykle, pagal kurią iš keturių testo rezultatų du ar daugiau testo rezultatų, davusių tą patį rezultatą, buvo laikomi tikrai teigiamais arba neigiamais.
Šiame tyrime nustatėme 100 % neigiamą procentinį sutapimą (NPA) (95 % PI 94,6–100) visoms analizėms, palyginti su CRS. „Sansure Biotechnology“ analizė parodė minimalų PPA – 93,8 % (95 % PI 87,2–97,1), o „Daan Gene 2019-nCoV“ analizės bendras sutapimas buvo 99,4 % (95 % PI 96,6–99,9). Priešingai, bendras SARS-CoV-2 BGI tyrimo ir „Sansure Biotech 2019-nCoV“ tyrimo sutapimas buvo atitinkamai 98,8 % ir 96,3 % (2 lentelė).
CRS ir „Abbott SARS-CoV-2“ tyrimų rezultatų Coheno kapa atitikimo koeficientas buvo visiškai nuoseklus (K = 1,00). Panašiai Coheno kapa vertės, nustatytos „Daan Gene 2019-nCoV“, „SARS-CoV-2 BGI“ ir „Sansure Biotech 2019-nCoV“, taip pat visiškai atitinka CRS (K ≥ 0,925). Šioje lyginamojoje analizėje chi kvadrato testas (McNemaro testas) parodė, kad „Sansure Biotech 2019-nCoV“ tyrimo rezultatai reikšmingai skyrėsi nuo CRS rezultatų (p = 0,031) (2 lentelė).
Kaip parodyta pav.1. Mažiausios Ct vertės (< 20 Ct) procentinė dalis „Abbott SARS-CoV-2“ tyrime (sujungus RdRp ir N genus) buvo 87,6 %, o ORF1a/b geno Ct vertė „Sansure Biotech 2019-nCoV“ tyrime parodė, kad mažos Ct vertės (< 20 Ct) procentinė dalis buvo 50,3 %, o didelės Ct vertės (36–40 Ct) – 3,2 %. 1. Mažiausios Ct vertės (< 20 Ct) procentinė dalis „Abbott SARS-CoV-2“ tyrime (sujungus RdRp ir N genus) buvo 87,6 %, o ORF1a/b geno Ct vertė „Sansure Biotech 2019-nCoV“ tyrime parodė, kad mažos Ct vertės (< 20 Ct) procentinė dalis buvo 50,3 %, o didelės Ct vertės (36–40 Ct) – 3,2 %.Kaip parodyta pav.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, Ct енизначе ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а вышокое6–40t sudaro 3,2 %. 1. „Abbott SARS-CoV-2“ (sujungto RdRp ir N geno) analizės žemiausios Ct vertės (< 20 Ct) procentinė dalis buvo 87,6 %, o „Sansure Biotech 2019-nCoV“ ORF1a/b geno analizės metu mažos Ct vertės (< 20 Ct) procentinė dalis sudarė 50,3 %, o didelės Ct vertės (36–40 Ct) – 3,2 %.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（百分比（< 20，，，S. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3 %，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2 %. Kaip parodyta 1 paveiksle, mažiausia „Abbott SARS-CoV-2“ testo (RdRp ir N geno derinys) Ct reikšmė procentais (< 20 Ct) yra 87,6 %, „Sansure Biotech 2019-nCoV“ testo ORF1a/b geno Ct reikšmė rodo mažą Ct reikšmę (< 20 Ct) – 50,3 %, o ORF1a/b geno Ct reikšmę (36–40 Ct) – 3,2 %. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное низкое процентное размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Kaip parodyta 1 paveiksle, „Abbott SARS-CoV-2“ tyrimas (apjungiantis RdRp ir N genus) turėjo mažiausią Ct procentinę vertę (< 20 Ct) – 87,6 %, o ORF1a/b geno Ct vertė „Sansure Biotech 2019“ tyrime – nCoV analizė parodė žemą Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Verčių (< 20 Ct) procentinė dalis sudarė 50,3 %, o didelių Ct verčių (36–40 Ct) – 3,2 %.„Abbott“ SARS-CoV-2 B testo metu užfiksuotos Ct vertės viršijo 30. Kita vertus, BGI SARS-CoV-2 tyrime ORF1a/b genas turėjo aukštą Ct reikšmę (> 36 Ct), o procentinė dalis siekė 4 % (1 pav.). Kita vertus, BGI SARS-CoV-2 tyrime ORF1a/b genas turėjo aukštą Ct reikšmę (> 36 Ct), o procentinė dalis siekė 4 % (1 pav.). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составрис.41% (). Kita vertus, analizuojant BGI, SARS-CoV-2 genas ORF1a/b turėjo aukštą Ct reikšmę (> 36 Ct), kurios procentinė dalis sudarė 4 % (1 pav.).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为 Kita vertus, BGI SARS-CoV-2 aptikimo metu ORF1a/b geno, kurio Ct vertė yra aukšta (> 36 Ct), procentinė dalis yra 4 % (1 pav.). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). Kita vertus, BGI SARS-CoV-2 analizėje ORF1a/b genų, kurių Ct vertės buvo didelės (> 36 Ct), procentinė dalis buvo 4 % (1 pav.).
Šiame tyrime paėmėme 164 nosiaryklės mėginius. Visų tipų tyrimams RNR išskyrimas ir amplifikacija buvo atlikta naudojant atitinkamų gamintojų rekomenduojamus metodus ir rinkinius.
Šis tyrimas parodė, kad „Abbott“ SARS-CoV-2 testas pasižymi tokiu pačiu aptikimo efektyvumu kaip ir CRS, su 100 % teigiamu, neigiamu ir bendru atitikimu. Coheno kapa atitikimas yra 1,00, o tai rodo visišką atitikimą CRS. Panašus Vašingtono universiteto (JAV) tyrimas parodė, kad bendras „Abbott“ SARS-CoV-2 testo jautrumas ir specifiškumas buvo atitinkamai 93 % ir 100 %, palyginti su CDC laboratorijoje nustatytu tyrimu (LDA).11. „Abbott“ SARS-CoV-2 aptikimo sistema pagrįsta vienalaikiu N ir RdRp genų aptikimu, nes abu genai yra jautresni, todėl sumažėja klaidingai neigiamų rezultatų12. Vienoje (Austrija) atliktas tyrimas taip pat parodė, kad dideli ekstrahavimo mėginių tūriai ir aptikimo eliuento tūriai sumažino skiedimo poveikį ir padidino aptikimo efektyvumą13. Taigi, „Abbott“ idealus atitikmuo SARS-CoV-2 tyrimui gali būti siejamas su platformos aptikimo sistema, kuri vienu metu aptinka kombinatorinius genus, išskiria didelį kiekį mėginių (0,5 ml) ir naudoja didelį kiekį eliuento (40 µl).
Mūsų rezultatai taip pat parodė, kad Daan genetinio testo aptikimo našumas buvo beveik toks pat kaip CRS. Tai atitinka Anhui universitete Huainane, Kinijoje, atlikto tyrimo14 rezultatus ir gamintojo teiginį apie 100 % teigiamą atitikimą. Nepaisant pranešimų apie nuoseklius rezultatus, vienas mėginys buvo klaidingai neigiamas po pakartotinio to paties eliuato tyrimo, tačiau „Abbott SARS-CoV-2“ ir „Sansure Biotech nCoV-2019“ tyrimuose buvo teigiamas. Tai rodo, kad skirtingų tipų tyrimų rezultatai gali skirtis. Nepaisant to, Kinijoje atliktame tyrime15 „Daan Gene“ tyrimo rezultatas reikšmingai skyrėsi (p < 0,05), palyginti su laboratorijoje apibrėžtu etaloniniu tyrimu. Nepaisant to, Kinijoje atliktame tyrime15 „Daan Gene“ tyrimo rezultatas reikšmingai skyrėsi (p < 0,05), palyginti su laboratorijoje apibrėžtu etaloniniu tyrimu. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Tačiau Kinijoje atlikto tyrimo15 metu „Daan Gene“ analizės rezultatas reikšmingai skyrėsi (p < 0,05) nuo jų laboratorinės etaloninės analizės rezultatų.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (05p) его эталонным labboratornыm тестом. Tačiau Kinijoje atlikto tyrimo15 metu Daano genetinio testo rezultatai reikšmingai skyrėsi (p < 0,05), palyginti su etaloniniu laboratoriniu testu.Šis neatitikimas gali būti dėl etaloninio testo, skirto SARS-CoV-2 aptikimui, jautrumo, todėl norint nustatyti priežastį, gali prireikti tolesnių tyrimų.
Be to, mūsų tyrime buvo įvertintas SARS-CoV-2 BGI tyrimo lyginamasis našumas su CRS, ir nustatytas puikus teigiamas procentinis atitikimas (PPA = 97,9 %), neigiamas procentinis atitikimas (NPA = 100 %) ir bendras procentinis atitikimas pagal lytį (OPA). ). = 98,8 %). Coheno Kappa vertės parodė gerą atitikimą (K = 0,975). Tyrimai Nyderlanduose16 ir Kinijoje15 parodė nuoseklius rezultatus. SARS-CoV-2 BGI testas yra vieno geno (ORF1a/b) aptikimo testas, naudojant 10 µl amplifikacijos/aptikimo eliuato. Nepaisant gero statistinio atitikimo mūsų etaloniniams rezultatams, analizėje nebuvo aptikti du teigiami mėginiai (1,22 %) iš viso mėginio. Tai gali turėti didžiulę klinikinę reikšmę perdavimo dinamikai tiek pacientų, tiek bendruomenės lygmeniu.
Kita lyginamoji analizė, įtraukta į šį tyrimą, buvo „Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR“ (RUO) tyrimas; bendras atitikimo procentas buvo 96,3 %. Sutarimo stiprumą taip pat nulėmė Coheno Kappa vertė, kuri buvo 0,925, rodanti visišką atitikimą CRS. Vėlgi, mūsų rezultatai yra identiški tyrimams, atliktiems Centriniame Pietų universitete Čangšoje, Kinijoje, ir Liudžou liaudies ligoninės klinikinės laboratorijos skyriuje Liudžou mieste, Kinijoje17. Nors buvo užfiksuotas aukščiau minėtas geras statistinis atitikimas, chi kvadrato testas (MacNemaro testas) parodė, kad „Sansure Biotech“ tyrimo rezultatas statistiškai reikšmingai skyrėsi, palyginti su CRS (p < 0,005). Nors buvo užfiksuotas aukščiau minėtas geras statistinis atitikimas, chi kvadrato testas (MacNemaro testas) parodė, kad „Sansure Biotech“ tyrimo rezultatas statistiškai reikšmingai skyrėsi, palyginti su CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-крийтрийкрий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению < с0,00p. Nors užfiksuotas geras statistinis atitikimas, kaip nurodyta aukščiau, chi kvadrato testas (McNemaro testas) parodė, kad „Sansure Biotech“ tyrimo rezultatas statistiškai reikšmingai skyrėsi, palyginti su CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，RS Sansure Biotech.相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 绨明 测 拌 拌 sure （与 CRs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。）。。。（（（（（ Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнпема) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ir CRS. Nepaisant aukščiau minėto gero statistinio atitikimo, chi kvadrato testas (McNemaro testas) parodė statistiškai reikšmingą skirtumą (p < 0,005) tarp „Sansure Biotech“ tyrimo ir CRS.Šeši mėginiai (3,66 %), palyginti su CRS, buvo klaidingai neigiami (1 papildoma lentelė); tai labai svarbu, ypač atsižvelgiant į viruso perdavimo dinamiką. Šie duomenys taip pat patvirtina šį žemą aptikimo rodiklį15.
Šiame tyrime Ct vertės buvo nustatytos kiekvienam tyrimui ir atitinkamai platformai, o mažiausia vidutinė Ct vertė buvo gauta „Abbott SARS-CoV-2“ tyrime. Šis rezultatas gali būti susijęs su „Abbott“ naudojama vienalaikė kombinuota genetinių tyrimų sistema SARS-CoV-2 aptikimui. Todėl, remiantis 1 paveikslu, 87,6 % „Abbott“ SARS-CoV-2 rezultatų Ct vertės buvo mažesnės nei 20. Tik nedidelė dalis mėginių rezultatų (12,4 %) buvo 20–30 diapazone. Ct vertės, didesnės nei 30, nebuvo užregistruotos. Be to, kad „Abbott“ naudoja SARS-CoV-2 panelinio genetinių tyrimų formatą, šis rezultatas gali būti susijęs su apatine aptikimo riba (32,5 RNR kopijų/ml)18, kuri yra tris kartus mažesnė už bendrovės apatinę 100 RNR kopijų/ml ribą.
Šis tyrimas turi tam tikrų apribojimų: pirma, dėl išteklių trūkumo neturime standartinių / pamatinių metodų [tokių kaip viruso kiekis ar kiti laboratoriniai tyrimai (LDA)]. Antra, visi šiame tyrime naudoti mėginiai buvo nosiaryklės tepinėliai, o rezultatai nebuvo taikomi kitų tipų mėginiams, ir trečia, mūsų imties dydis buvo mažas.
Šiame tyrime buvo palygintas keturių rRT-PGR SARS-CoV-2 tyrimų, atliktų naudojant nosiaryklės mėginius, veiksmingumas. Visų aptikimo tyrimų, išskyrus „Sansure Biotech“ tyrimą, veiksmingumas buvo beveik panašus. Be to, „Sansure Biotech“ tyrime nustatytas mažas teigiamų rezultatų dažnis, palyginti su CRS (p < 0,05). Be to, „Sansure Biotech“ tyrime nustatytas mažas teigiamų rezultatų dažnis, palyginti su CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Be to, „Sansure Biotech“ testas parodė mažą teigiamų rezultatų procentą, palyginti su CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Be to, „Sansure Biotech“ tyrimo teigiamumo rodiklis buvo mažesnis, palyginti su CRS (p < 0,05).„Sansure Biotech nCoV-2019“ (RUO) atliktos PPA, NPA ir bendro atitikimo analizės rezultatas viršijo 93,5 %, o Coheno Kappa atitikimo vertė buvo 0,925. Galiausiai, „Sansure Biotech Assay“ (RUO) reikia toliau patvirtinti, kad jį būtų galima naudoti Etiopijoje, ir reikėtų apsvarstyti papildomus tyrimus, kad būtų įvertinti atskirų gamintojų teiginiai.
Lyginamasis tyrimas buvo atliktas keturiose Adis Abebos sveikatos priežiūros įstaigose: Eka Kotebe ligoninėje, Millennium bažnyčios gydymo centre, Zewooditu memorialinėje ligoninėje ir Šv. Petro tuberkuliozės specialistų ligoninėje. Duomenys buvo renkami 2020 m. gruodžio 1–31 d. Šiam tyrimui skirtos medicinos įstaigos buvo tikslingai parinktos atsižvelgiant į didelį atvejų skaičių jose ir pagrindinių gydymo centrų prieinamumą mieste. Panašiai, prietaisai, įskaitant ABI 7500 ir Abbott m2000 realaus laiko PGR prietaisus, buvo parinkti pagal NAAT reagentų gamintojų rekomendacijas, o šiam tyrimui buvo pasirinkti keturi PGR aptikimo rinkiniai, nes dauguma Etiopijos laboratorijų naudojo bent keturis iš jų. Tyrimo metu buvo atlikti genų testai, Abbott SARS-CoV-2 testai, Sansure Biotech testai ir SARS-CoV-2 BGI testai.
SARS-CoV-2 tyrimai buvo atlikti 2020 m. gruodžio 1–30 d., naudojant 3 ml virusinės transportavimo terpės (VTM) („Miraclean Technology“, Šendženas, Kinija), paimtų asmenų, kuriems buvo atliekamas COVID-19 tyrimas ir kurie buvo nukreipti į EPHI. Nosiaryklės mėginius surinko apmokyti mėginių rinkėjai ir išsiuntė į EPHI trigubomis pakuotėmis. Prieš išskiriant nukleorūgštį, kiekvienam mėginiui priskiriamas unikalus identifikavimo numeris. Iš kiekvieno mėginio ištraukimas atliekamas iškart po atvykimo, naudojant rankinius ir automatinius ekstrakcijos metodus. Taigi, norint automatiškai išgauti „Abbott m2000“, iš kiekvieno mėginio buvo ištraukta 1,3 ml (įskaitant 0,8 ml negyvojo tūrio ir 0,5 ml ekstrakcijos įleidimo tūrio) mėginio ir perleista per „Abbott“ DNR mėginių paruošimo sistemą („Abbott Molecular Inc.“, des Plaines, IL, JAV). ) Į bendrą SARS-CoV-2 (EUA) tyrimo procesą (gavimą ir aptikimą) realiuoju laiku buvo įtraukta 96 mėginių partija [92 mėginiai, du aptikimo kontroliniai mėginiai ir du nematriciniai kontroliniai mėginiai (NTC)]. Panašiai, rankiniam ekstrahavimui naudojami tie patys mėginiai (automatiniam ekstrahavimui ir aptikimui). Taigi, viso proceso metu 140 µl mėginių buvo padalinti į alikvotines dalis ir ekstrahuoti naudojant „QIAamp Viral RNA Mini Kit“ (QIAGEN GmbH, Hildenas, Vokietija) 24 mėginių partijomis (įskaitant 20 mėginių, du tyrimo kontrolinius mėginius ir du NTC) per devynis etapus. Rankiniu būdu ekstrahuoti eliuatai buvo amplifikuoti ir aptikti naudojant ABI 7500 terminio ciklo įrenginį, naudojant SARS-CoV-2 BGI tyrimą, Daan Gene tyrimą ir Sansure Biotech tyrimą.
Automatinis SARS-CoV-2 viruso RNR išskyrimas ir gryninimas atliekamas magnetinių karoliukų principu, naudojant „Abbott“ DNR mėginių paruošimo reagentus. Mėginių inaktyvavimas ir viruso dalelių tirpinimas atliekamas naudojant guanidino izotiocianato turintį ploviklį, kuris denatūruoja baltymą ir inaktyvuoja RNazę. Tada RNR nuo baltymo atskiriama kietosios fazės atskyrimo būdu naudojant silicio dioksidą, t. y. guanidinio druska ir šarminis lizės buferio pH skatina nukleorūgščių prisijungimą prie silicio dioksido (SiO2). Skalavimo metu pašalinami likę baltymai ir šiukšlės, kad būtų gautas skaidrus tirpalas. Skaidri RNR iš silicio dioksido pagrindo mikrodalelių išskiriama naudojant prietaiso magnetinį lauką20,21. Kita vertus, rankinis RNR išskyrimas ir gryninimas atliekamas sukimo kolonėlės metodu, naudojant centrifugavimą vietoj magnetinio stovo, ir mikrodalelių atskyrimą nuo eliuento.
„Abbott“ realaus laiko SARS-CoV-2 aptikimo testas („Abbott Molecular, Inc.“) buvo atliktas pagal gamintojo instrukcijas, kurioms PSO ir FDA suteikė EUA19,22. Šiame protokole mėginys prieš ekstrakciją buvo inaktyvuojamas vandens vonelėje 56 °C temperatūroje 30 min. Po viruso inaktyvavimo nukleorūgščių ekstrakcija buvo atlikta „Abbott m2000 SP“ prietaisu iš 0,5 ml VTM, naudojant „Abbott m2000“ DNR mėginių paruošimo sistemą. Remiantis gamintojo instrukcijomis. Amplifikacija ir aptikimas buvo atlikti naudojant „Abbott m2000 RT-PCR“ prietaisą, o dvigubas RdRp ir N genų aptikimas buvo atliktas. Vidinėms kontrolėms nustatyti buvo naudojamas ROX) ir VIC P (patentuotas dažiklis), leidžiantis vienu metu aptikti abu amplifikacijos produktus 19.
Šio rinkinio amplifikacijos aptikimo metodas pagrįstas vieno etapo RT-PGR technologija. „Daan Gene Technology“ atrinko ORF1a/b ir N genus kaip konservatyvius regionus, kad aptiktų tikslinių regionų amplifikaciją. SARS-CoV-2 RNR mėginiuose aptikti buvo sukurti specifiniai pradmenys ir fluorescenciniai zondai (N geno zondai, žymėti FAM, ORF1a/b zondai, žymėti VIC). Galutinis eliuentas ir pagrindinis mišiniai buvo paruošti įpilant 5 µl eliuento į 20 µl pagrindinio mišinio, kad galutinis tūris būtų 25 µl. Amplifikacija ir aptikimas buvo atliekami vienu metu, naudojant ABI 750024 realaus laiko PGR prietaisą.
ORF1a/b ir N genai buvo aptikti naudojant „Sansure Biotech nCoV-2019“ nukleorūgščių diagnostikos rinkinį (fluorescencinė PGR aptikimas). Kiekvienam tiksliniam genui paruoškite specifinius zondus, pasirinkdami FAM kanalą ORF1a/b sričiai ir ROX kanalą N genui. Į šį tyrimo rinkinį eliuentas ir pagrindinio mišinio reagentai įdedami taip: paruoškite 30 µl pagrindinio mišinio reagento ir 20 µl eliuuoto mėginio aptikimui/amplifikacijai. Amplifikacijai/aptikimui buvo naudojama realaus laiko PGR ABI 750025.
SARS-CoV-2 BGI testas yra fluorescencinis realaus laiko rRT-PGR rinkinys, skirtas COVID-19 diagnozei. Taikinio regionas yra SARS-CoV-2 genomo ORF1a/b regione, kuris yra vieno geno aptikimo metodas. Be to, žmogaus „namų tvarkymo“ genas β-aktinas yra viduje reguliuojamas taikininis genas. Pagrindinis mišinys paruošiamas sumaišant 20 µl pagrindinio mišinio reagento ir 10 µl ekstrahuoto RNR mėginio šulinėlių plokštelėje26. Amplifikacijai ir aptikimui buvo naudojamas ABI 7500 fluorescencinis kiekybinis realaus laiko PGR prietaisas. Visos nukleorūgščių amplifikacijos, PGR vykdymo sąlygos kiekvienam tyrimui ir rezultatų interpretavimas buvo atlikti pagal atitinkamas gamintojo instrukcijas (3 lentelė).
Šioje lyginamojoje analizėje nenaudojome etaloninio standarto metodo, kad nustatytume atitikimo procentą (teigiamą, neigiamą ir bendrą) ir kitus palyginimo parametrus keturioms analizėms. Kiekvienas testo palyginimas buvo atliktas su KRS, šiame tyrime KRS buvo nustatytas pagal taisyklę „bet koks teigiamas“, o rezultatas buvo nustatytas ne pagal vieną testą, naudojome bent du sutapusius testo rezultatus. Be to, COVID-19 perdavimo atveju klaidingai neigiami rezultatai yra pavojingesni nei klaidingai teigiami rezultatai. Todėl norint kuo tiksliau pasakyti „teigiamas“ iš KRS rezultato, bent du tyrimo rezultatai turi būti teigiami, o tai reiškia, kad bent vienas teigiamas rezultatas greičiausiai bus gautas iš EUA tyrimo. Taigi, iš keturių testo rezultatų du ar daugiau testo rezultatų, duodančių tą patį rezultatą, laikomi tikrai teigiamais arba neigiamais18,27.
Duomenys buvo renkami naudojant struktūrizuotas duomenų ištraukimo formas, duomenys įvedami ir analizuojami naudojant statistinę „Excel“ programinę įrangą ir aprašomosios statistikos programą SPSS 23.0 versija. Buvo analizuojami teigiami, neigiami ir bendri procentiniai atitikimai, o kiekvieno metodo atitikimo su CRS laipsniui nustatyti buvo naudojamas Kappa balas. Kappa vertės interpretuojamos taip: 0,01–0,20 – nedidelis atitikimas, 0,21–0,40 – bendras atitikimas, 0,41–0,60 – vidutinis atitikimas, 0,61–0,80 – didelis atitikimas ir 0,81–0,99 – visiškas atitikimas28.
Etikos leidimas buvo gautas iš Adis Abebos universiteto, o visi šio tyrimo eksperimentiniai protokolai buvo patvirtinti Etiopijos visuomenės sveikatos instituto Mokslinės etikos peržiūros tarybos. EPHI etikos licencijos numeris yra EPHI/IRB-279-2020. Visi metodai buvo taikomi laikantis Etiopijos nacionalinių išsamių COVID-19 gydymo gairių rekomendacijų ir nuostatų. Be to, prieš dalyvaujant tyrime buvo gautas visų tyrimo dalyvių rašytinis informuotas sutikimas.
Visi šiame tyrime gauti arba analizuoti duomenys yra įtraukti į šį paskelbtą straipsnį. Duomenis, patvirtinančius šio tyrimo rezultatus, galima gauti iš atitinkamo autoriaus, pateikus pagrįstą prašymą.
Pasaulio sveikatos organizacija. COVID-19 laboratorinių tyrimų strategijų rekomendacijos: laikinosios gairės, 2020 m. kovo 21 d., Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (PSO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. ir Gourgoulianis, KI. Išmanioji COVID-19 diagnostika skubios pagalbos skyriuje: viskas praktikoje. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. ir Gourgoulianis, KI. Išmanioji COVID-19 diagnostika skubios pagalbos skyriuje: viskas praktikoje.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ir Gurgulianis, KI. Pažangi COVID-19 diagnostika skubios pagalbos skyriuje: viskas praktiškai.Muliou DS, Pantazopoulos I. ir Gurgulyanis KI. Pažangi COVID-19 diagnostika skubios pagalbos skyriuose: visapusiška integracija praktikoje. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL ir St George, K. COVID19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas. Mitchell, SL ir St George, K. COVID19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas.Mitchell, SL ir St. George, K. COVID19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas.Mitchell SL ir St. George K. COVID-19 ID NOW EUA tyrimo įvertinimas. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
PSO. Laboratorinis 2019 m. koronaviruso ligos (COVID-19) nustatymas įtariamiems žmonių susirgimams. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (žiūrėta 2020 m. rugpjūčio 15 d.) (PSO, 2020).
Udugama, B. ir kt. COVID-19 diagnozė: ligos ir tyrimo įrankiai. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. ir kt. Rytų, Centrinės ir Pietų Afrikos patologų kolegijos įkūrimas – Artimųjų Rytų ir Pietų Afrikos regioninė patologijos mokykla. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopijos visuomenės sveikatos institutas, Federalinė sveikatos ministerija. Laikinoji nacionalinė COVID-19 laboratorinės diagnostikos strategija ir gairės. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (žiūrėta 2020 m. rugpjūčio 12 d.) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. ir Kesselheim, AS. Klaidingai neigiami SARS-CoV-2 infekcijos nustatymo testai: iššūkiai ir pasekmės. Woloshin, S., Patel, N. ir Kesselheim, AS. Klaidingai neigiami SARS-CoV-2 infekcijos nustatymo testai: iššūkiai ir pasekmės.Vološinas S., Patel N. ir Kesselheimas AS. Klaidingai neigiami SARS-CoV-2 infekcijų testai ir jų pasekmės.Vološinas S., Patel N. ir Kesselheimas AS. Klaidingai neigiami provokacijos testai ir SARS-CoV-2 infekcijos poveikis. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS ir Gourgoulianis, KI. Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir valdymo strategijos, vakcinacija ir tolesnės perspektyvos. Mouliou, DS ir Gourgoulianis, KI. Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir valdymo strategijos, vakcinacija ir tolesnės perspektyvos. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные ir ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика истра вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS ir Gourgoulianis, KI. Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencija ir gydymo strategijos, vakcinacija ir tolesni veiksmai.Muliu, DS ir Gurgulianis, KI. Klaidingai teigiami ir klaidingai neigiami COVID-19 atvejai: kvėpavimo takų prevencijos ir gydymo strategijos, vakcinacija ir tolesni veiksmai. Ekspertas Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. ir Konstantinos, G. COVID-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: matome medį, bet prarandame mišką. Mouliou, DS, Ioannis, P. ir Konstantinos, G. COVID-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: matome medį, bet prarandame mišką.Mouliou, DS, Ioannis, P. ir Konstantinos, G. COVID-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuje: pamatyk medį, prarask mišką.Muliou DS, Ioannis P. ir Konstantinos G. COVID-19 diagnozė skubios pagalbos skyriuose: medžiams neužtenka miško. „Appear. medicine“. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ir kt. „Abbott RealTime SARS-CoV-2“ tyrimo analitinio ir klinikinio veikimo patvirtinimas ir validavimas. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ir Aflatoonian, B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų COVID-19 genomo regionų palyginimas viruso infekcijai aptikti įprastine RT-PGR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ir Aflatoonian, B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų COVID-19 genomo regionų palyginimas viruso infekcijai aptikti įprastine RT-PGR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ir Aflatunyan, B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų COVID-19 genomo regionų palyginimas virusinei infekcijai aptikti įprastine RT-PGR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ir Aflatoonian, B. 5 skirtingų COVID-19 genetinių regionų palyginimas virusinės infekcijos nustatymui įprastine RT-PGR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ir Aflatunyan B. Penkių pradmenų rinkinių iš skirtingų COVID-19 genomo regionų palyginimas virusinei infekcijai aptikti įprastine RT-PGR.Iranas. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. ir kt. Preliminarūs nacionalinės išorinio kokybės vertinimo programos, skirtos SARS-CoV-2 genomo sekų aptikimui, rezultatai. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. ir kt. Penkių RT-PGR rinkinių veiksmingumo sunkiam ūminiam respiraciniam sindromui (koronavirusas 2) analitinis įvertinimas. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. ir kt. Septynių Kinijoje parduodamų SARS-CoV-2 RNR aptikimo rinkinių, pagrįstų realaus laiko polimerazės grandinine reakcija (PGR), įvertinimas. klinikinė. cheminė. laboratorija. medicina. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB ir kt. Septynių komercinių RT-PGR COVID-19 diagnostikos rinkinių palyginimas. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu ir kt. Dviejų PGR rinkinių, skirtų SARS-CoV-2 nukleorūgštims aptikti, diagnostinio efektyvumo palyginimas. J. Clinical. Laboratory. Anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR ir kt. Lyginamasis keturių SARS-CoV-2 nukleorūgščių amplifikacijos testavimo (NAAT) platformų tyrimas parodė, kad ID NOW našumas reikšmingai pablogėjo priklausomai nuo paciento ir mėginio tipo. diagnozė. mikrobiologija. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
„Abbott“ molekulė. „Abbott“ SARS-CoV-2 analizės realiuoju laiku pakuotės lapelis. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1–12. (2020 m. rugpjūčio 10 d. duomenimis) (2020).
Klein, S. ir kt. SARS-CoV-2 RNR išskyrimas naudojant magnetines granules greitam didelio masto aptikimui RT-kPGR ir RT-LAMP metodais. Virus 12(8), 863 (2020).